Nato a Dublino, Alan Moloney ha fondato la premiata società Parallel Film Productions  nel 1994. Nel corso degli ultimi quindici anni, ha prodotto dei progetti variegati, come il notevole esordio alla regia di John Crowley Intermission (2003) con protagonisti Cillian Murphy e Colin Farrell, le pellicola di Neil Jordan candidata ai Golden Globe Breakfast on Pluto (2005), che vedeva coinvolti Cillian Murphy, Liam Neeson e Stephen Rea e l'acclamato Beckett on Film (2003), per cui Moloney ha prodotto delle versioni cinematografiche di 19 opere teatrali di Samuel Beckett.
Tra i registi coinvolti in questo progetto c'erano il vincitore dell'Oscar Anthony Minghella, David Mamet, Atom Egoyan e il celebre artista Damien Hirst. Tra gli attori impegnati, figuravano Kristin Scott Thomas, Julianne Moore, Jeremy Irons, John Gielgud, Michael Gambon e John Hurt.
Per la televisione inglese e irlandese, è stato coinvolto nel popolarissimo Kingdom (2005 -ora), The Clinic (2003 -ora), Sinners (2002), Amongst Women (1999, che gli è valso dei premi ai BAFTA e agli RTS, oltre che il riconoscimento di vincitore del miglior dramma televisivo al BAMFF) e tanti altri prodotti.
Gli ultimi quattro anni sono stati veramente prolifici. Nel 2006 ha collaborato con Harold Pinter alla produzione di Celebration , per la regia di John Crowley e con protagonisti Michael Gambon, Colin Firth e Sophie Okonedo. Nel 2007 ha prodotto Joe Strummer - The Future is Unwritten diretto da Julien Temple (Miglior documentario ai BIFA) e, sempre lo stesso anno, è stato impegnato con The Escapist un thriller su un'evasione dal carcere scritto e diretto da Rupert Wyatt. Il film è stato presentato al Sundance Film Festival, ha ottenuto il premio per i migliori produttori ai BIFA ed era interpretato da Joe Fiennes, Dominic Cooper, Damian Lewis e Brian Cox. Inoltre, ha lavorato alla pellicola d'esordio di Ian Fitzgibbon A Film With Me In It, che aveva come protagonista Dylan Moran.
Nel 2009 è stato impegnato nella post-produzione di Perrier's Bounty, sempre diretto da Fitzgibbon, con la partecipazione di Cillian Murphy, Jim Broadbent e Brendan Gleeson.