Skateboarder professionista, Jason Lee ha fatto il salto nella recitazione con successo, grazie a un indubbio fascino indie che gli ha rapidamente permesso una grande notorietà in rete. Inizia una carriera nello skate già a 13 anni, per diventare professionista a 18. Fondata la sua propria compagnia, la Stereo Skateboard, mollerà ben presto il mondo dello skate per apparire negli anni '90 in diversi video musicali di Spike Jonze.

Dallo skateboard al cinema
Approda al grande schermo con Mi Vida Loca, nel 1993, per poi iniziare nel 1995 una duratura collaborazione con Kevin Smith che lo vorrà nel poco riuscito, Generazione X. Nel '96 è in Drawing Flies mentre nel '97 ancora con Kevin Smith appare in In cerca di Amy. Nel film interpreta il geloso Banky, creatore nella finzione di un noto fumetto.
Il '98 è l'anno di Amore tra le righe, altra commedia sentimentale di scarso successo, dove Lee appare nel ruolo di un romanziere. Altri ruoli in piccole commedie indie, quali American Cuisine (1998) e Mumford (1999), per poi tornare in un film di Kevin Smith: Dogma. Nel 2000 è il mondo del rock and roll, quello semi-autobiografico di Cameron Crowe, che lo vede interprete in Quasi famosi. Sempre Cameron Crowe lo rivorrà nel suo film successivo, il remake dello spagnolo Apri gli occhi: Vanilla Sky (2001) dove copre il ruolo dell'amico del personaggio interpretato da Tom Cruise, mentre sempre per Kevin Smith appare in Jay and Silent Bob... Fermate Hollywood! (2001).

Gli anni delle commedie e l' impegno come doppiatore
I ruoli in commedie continuano con Heartbrakers - Vizio di famiglia (2001), 110 e frode (2002), nella commedia degli equivoci, Big Trouble - Una valigia piena di guai (2002) e in I Love Your Work (2003). Altri equivoci in Cose da maschi (2003) mentre nel 2002 era apparso anche nel piuttosto dimenticabile adattamento di un classico di Stephen King: L'acchiappasogni. Lee non molla mai le sue caratterizzazioni in divertenti commedie indie, dove appare ripetutamente. È il caso della sua breve presenza in Jersey Girl, 2004, sempre di Kevin Smith, accanto, oltre che a Ben Affleck, a Liv Tyler, Jennifer Lopez e Will Smith o ancora di Drop Dead Sexy, 2005. Dà inoltre la voce alla versione americana di un personaggio de Gli incredibili (2004).

Gli anni recenti
Nel 2006 è un commesso nel divertente Clerks II, diretto da un Kevin Smith questa volta più in forma che negli altri casi, mentre nel 2007 è Earl nella serie tv di successo: My Name is Earl. Il 2008 lo vede impegnato nel ruolo del protagonista, Dave, musicista in cerca d'ispirazione, nel film tratto dal cartone animato sulla band di scoiattolini: Alvin Superstar; in questo periodo lavora come doppiatore anche nel film d'animazione Underdog - Storia di un vero supereroe.
Tra gli ultimi lavori la commedia di Kevin Smith, Cop Out e i film d'animazione Alvin Superstar 2, Alvin Superstar 3 - Si salvi chi può! e Alvin Superstar - Nessuno ci può fermare.