Una delle più convincenti ed intense attrici teatrali e cinematografiche napoletane, che ha saputo rappresentare con vigore e sublime tecnica innumerevoli ritratti umani, alternando la forza del personaggio alla leggerezza dell'interpretazione.
Nata da una famiglia di origine napoletana, già da bambina sente la passione della recitazione che le pulsa dentro le vene, soprattutto quando il padre, durante uno dei loro tanti viaggi a Napoli, la porta ad assistere ad uno spettacolo al teatro San Carlo. Determinata nei suoi propositi, a 22 anni si diploma all'Accademia d'Arte Drammatica, esordendo a teatro sotto la guida dei più grandi registi italiani: Luca Ronconi, Mario Missiroli e Carlo Cecchi.

L'esordio al cinema
Nel 1972 debutta al cinema con il film Teresa la ladra di Carlo Di Palma, accanto a Monica Vitti, Stefano Satta Flores, Isa Danieli, Carlo Delle Piane e un giovanissimo Michele Placido (che sarà suo partner in tantissimi altri lavori). Mentre l'anno seguente, è nel cast di Film d'amore e d'anarchia, ovvero 'stamattina alle 10 in via dei Fiori nella nota casa di tolleranza...' , diretta dalla brava regista italiana Lina Wertmuller. A cavallo degli anni Settanta-Ottanta, Anna collaborerà cinematograficamente in b-movie e film impegnati con Bruno Corbucci, Joe D'Amato, Eriprando Visconti, Luciano Odorisio, Giuliana Gamba, Pupi Avati e Luciano Emmer.
Ma è solo nel 1992 che si farà veramente notare per la sua maestria nell'arte della recitazione (affinata con gli anni) in Morte di un matematico napoletano, primo film di Mario Martone, accanto a Carlo Cecchi (che la dirige sovente anche in teatro). È proprio con Martone - che ha alle sue spalle una fortunata carriera teatrale - che la Bonaiuto comincerà un fortunato sodalizio artistico che si tramuterà poi in un fortissimo amore fra i due (sono infatti compagni anche nella vita).

Gli anni Novanta
Nel 1993, Anna Bonaiuto vince la Coppa Volpi a Venezia come Miglior attrice non protagonista nel film di Liliana Cavani Dove siete? Io sono qui. Il ruolo della madre oppressiva di un ragazzo sordomuto, che si intromette nella storia d'amore del figlio, la mette sotto gli occhi dell'Europa intera. Ed infatti l'anno seguente, Michael Radford, la dirige ne Il postino, ultimo film del compianto Massimo Troisi, accanto a Philippe Noiret e Maria Grazia Cucinotta.
Ritorna come protagonista di un film nel 1995, accanto a Gianni Caiafa, nel film di Martone L'amore molesto: storia di una disegnatrice di fumetti che indaga sul suicidio della madre. Con questo vibrante ritratto di una donna in crisi, si aggiudica il Nastro d'Argento ed il David di Donatello come miglior attrice protagonista, nonché il riconoscimento del grande pubblico italiano e straniero. Ma le collaborazioni con il suo compagno non finiscono: seguiranno I Vesuviani (1997) e Teatro di guerra (1998).

I Duemila
Alla fine degli anni Novanta, sarà la prostituta Maddalena che si ribella alla propria situazione sociale in Appassionate (1999) di Tonino de Bernardi, mentre con l'entrata del nuovo millennio veste i panni di una psicologa in Prima la musica, poi le parole (2000) di Fulvio Wetzl.
Dalla tv, non si lascia corteggiare spesso e le sue apparizioni in qualche fiction sono molto rare. Il suo ruolo più importante, per il popolo del piccolo schermo, rimane quello affianco a Michele Placido ne "Il sequestro Soffiantini" di Riccardo Milani, accanto a Claudio Santamaria e Tony Sperandeo.

Gli ultimi anni
Il cinema, ma ancora di più il teatro, sono le sue vere case ed è in quelle che trova la sua dimensione: nei ritratti della madre di Giosuè in La passione di Giosuè l'ebreo (2005) di Pasquale Scimeca, in quelli del pubblico ministero nel controverso Il caimano (2006) di Nanni Moretti, in quelli della moglie di Giulio Andreotti ne Il Divo di Paolo Sorrentino. Il 2010 si apre con la partecipazione alla commedia di Carlo Verdone Io, loro e Lara, mentre il 2011 la vede in Tutti al mare. Nel 2012 è invece nel cast della commedia Il peggior Natale della mia vita di Alessandro Genovesi e l'anno successivo recita in Viva la libertà di Roberto Andò. Sarà anche diretta dal regista iraniano Amir Naderi nel film Monte e tornerà a lavorare con Riccardo Milani in Mamma o papà?, in cui affianca Paola Cortellesi e Antonio Albanese. Sara poi diretta da Sorrentino in Loro e da in Nanni Moretti in Tre piani, mentre nel 2024 Margherita Buy la vorrà nel suo film d'esordio Volare.
In Italia, ci sono attrici che non si apprezzano mai abbastanza per il loro talento e meriterebbero molti più onori, Anna Bonaiuto è una di queste. Icona della "scuola napoletana", innalzata a tale quasi per un percorso casuale della sua vita, rimane quella timida signora del cinema e del teatro italiano che con discrezione ed eleganza si muove fra palcoscenici e location cinematografiche, speriamo ancora per molto tempo.