A soli 8 anni Matthias Schoenaerts inizia a calcare il palco al fianco del padre, l'attore teatrale belga Julien Schoenaerts, con il quale recita anche nel suo debutto cinematografico, Padre Daens, il dramma storico di Stijn Coninx presentato alla Mostra di Venezia '92 e candidato all'Oscar come miglior film straniero nell'anno in cui vinceva il francese Indochine. Allora quindicenne, decide di terminare l'Accademia di Arte Drammatica di Antwerp prima di riprendere la carriera di attore, e ottiene il primo ruolo importante nel 2002 nel romantico Meisje (Ragazza) di Dorothée Van Den Berghe, selezionato da oltre 50 festival internazionali e vincitore di vari Plateau (l'Oscar belga) e di diversi premi ad Amiens e Locarno. Negli anni successivi partecipa a una dozzina di produzioni tra cui il corale Any Way the Wind Blows, diretto dal leader della band belga dEUS, Tom Barman ed Ellektra, nel quale recita nuovamente al fianco del padre, a parte vari cortometraggi.
L'esordio a Hollywood
Dopo aver interpretato uno dei resistenti nel Black Book di Paul Verhoeven, si fa notare veramente per la prima volta nel 2008 quando impersona Filip Willems nel thriller di Erik Van Looy, Loft, che diviene la produzione fiamminga di maggior successo con più di 7 milioni di euro guadagnati al botteghino. Ci sarebbero voluti quattro anni perché Hollywood si accorgesse di film e attore e incaricasse Van Looy di ripetere l'operazione (il remake statunitense The Loft) con Schoenaerts a replicare lo stesso ruolo ma con il nome anglosassone di Philip Williams. Nel frattempo un altro titolo che lo vede protagonista - Bullhead, di Michaël R. Roskam - viene candidato all'Oscar come miglior film straniero. Prima di calarsi nella parte di Jacky Vanmarsenille, un allevatore di bovini dopato di steroidi, Matthias si allena duramente (e segue una dieta ferrea a base di circa tremila scatolette di tonno, diverse centinaia di polli, un sacco intero di avena, riso e pasta) per mettere su massa muscolare e dare l'impressione di scoppiare nei vestiti e dentro la pelle. Il ruolo gli vale il premio FIPRESCI come migliore attore al Palm Springs International Film Festival - dove la giuria lo elogia per aver ritratto magnificamente un uomo innocente e sensibile intrappolato in un corpo truculento - nonché il premio Magritte che l'Académie André Delvaux assegna alle migliori produzioni e principali figure professionali del cinema belga.
Il successo con Audiard
L'anno successivo Jacques Audiard gli offre la parte da protagonista di Un sapore di ruggine e ossa, al fianco di Marion Cotillard, e gli chiede di perdere peso. Una volta tornato esile, il regista lo invita a riprendere gli allenamenti per mettere su una massa muscolare più naturale. Presentato al festival di Cannes nel maggio 2012, il dramma di Audiard ottiene il consenso della critica e Matthias l'attenzione da parte di pubblico e media. Solo il mese successivo l'attore vola a New York per un ruolo di supporto nel film in lingua inglese di Guillaume Canet, Blood Ties, che lo vede recitare con Clive Owen, Billy Crudup, Mila Kunis e, nuovamente, Marion Cotillard. Nello stesso anno torna nel paese natale per interpretare Waste Land di Pieter Van Hees. Il 2014 lo porta a lavorare nuovamente con Michaël R. Roskam in Chi è senza colpa, accanto a Tom Hardy, e con Saul Dibb in Suite francese, dove recita accanto a Michelle Williams.
Si farà notare poi in The Danish Girl di Tom Hooper e in A Bigger Splash di Luca Guadagnino, entrambi presentati alla Mostra del Cinema di Venezia nel 2015. Nonostante sia uno dei nomi in ascesa del cinema europeo del momento e un nuovo antidivo alla maniera di Ryan Gosling, Matthias Schoenaerts assicura che gli piace essere il perdente. "Non mi piace quando la gente si aspetta troppo, perché poi rimango deluso se le cose non funzionano. Preferisco lasciare che la vita mi porti dove vuole".