Per Aidan Gillen, la recitazione non è mai stata una passione segreta, anzi le è venuta in soccorso nel periodo psicologicamente più difficile di un essere umano: l'adolescenza. È stata la drammaturgia a trasformarlo in un bravissimo attore ordinato e vasto, che si trova particolarmente a suo agio in ruoli disordinati e misteriosi come quello che lo ha reso più famoso, il divertente omosessuale Stuart Jones, spesso vittima della passione di Nathan, un biondissimo Charlie Hunnam nella serie Queer as Folk.

Gli studi
Figlio di un'infermiera e di un architetto, cresce assieme a sua sorella Fionnuala Murphy (anche lei attrice) a Drumcondra, un sobborgo di Dublino. Studente alla St. Vincent's C.B.S. di Glasnevin, capisce che vorrebbe diventare attore all'età di 16 anni, quando cioè entrerà nella compagnia del Dublin Youth Theatre, recitando un piccolo ruolo ne "Sogno di una notte di mezz'estate", che lo spingerà fino a Londra.

L'esordio cinematografico
Il debutto cinematografico arriva dopo la partecipazione al cortometraggio di Trish McAdam The Drip (1985), grazie al film La segreta passione di Judith Hearne (1987) di Jack Clayton con Maggie Smith e Bob Hoskins, successivamente prenderà parte a Il corriere (1988), Amiche (1995), Una scelta d'amore (1996) e Soho (1997).

Il successo in Queer as Folk
Ma la grande popolarità lo aspetta con il ruolo di Stuart Jones nel telefilm omosessuale Queer as Folk (1999-2000). Tutt'altro che gay nella vita reale, si sposa con Olivia O'Flanagan, dalla quale avrà due figli, Berry e Joe. Nominato al Tony Award come miglior attore per "The Caretaker" (2004), continua a recitare in televisione apparendo in film tv e telefilm vari come l'horror The Darkling (2000), la miniserie Dice (2001), qualche episodio di Agatha Christie - Poirot (2003), qualche puntata di Law & Order - I due volti della giustizia (2005) e i serial The Wire (2004-2008) e Identity (2009). Avrà poi occasione di recitare accanto a Peter O'Toole ne The Final Curtain (2002), ma anche nei pessimi Due cavalieri a Londra (2003), Blackout (2007) e 12 Round (2009) con John Cena, storia di un detective che scopre che la sua ragazza stata sequestrata da un ex carcerato e che per liberarla dovrà superare 12 sfide.
Nel 2011 Gillen si è unito al cast della pluripremiata serie Il Trono di Spade come Petyr "Ditocorto" Baelish, per il quale ha ricevuto la sua seconda nomination all'Irish Film and Television Award. Ha recitato con Jason Statham e David Morrissey, come l'ammazza sbirri Barry Weiss nel thriller poliziesco inglese Blitz. Gillen è stato anche il boss del crimine John Boy Power nell'acclamata serie drammatica irlandese Love/Hate, per la quale ha ricevuto la sua terza nomination all'Irish Film and Television Award che ha così vinto per la seconda volta. Nello stesso anno ha vinto il premio come Miglior Attore al Milano Film Festival per la sua performance in Treacle Jr., che gli è valsa anche la nomination come Miglior Attore ai British Independent Film Awards.
Era l'agente della CIA all'inizio de Il Cavaliere Oscuro - Il Ritorno e ha recitato con Clive Owen e Gillian Anderson nella spy story, di produzione anglo-irlandese, Doppio Gioco. Tra i progetti completati recentemente troviamo la miniserie Charlie, Mazerunner - La Fuga (2015), Sing Street (2016) e King Arthur: Il Potere della Spada (2017) di Guy Ritchie.