Nato in Liguria da genitori pugliesi, Francesco Pannofino è uno dei più celebri rappresentanti della cosiddetta quinta generazione del doppiaggio italiano, quella attualmente fra le più attive e sviluppatasi durante gli anni Novanta, che annovera anche voci come Luca Ward e Giuppy Izzo. L'estro per l'arte recitativa lo conosce e lo fomenta in adolescenza durante i primi lavori come animatore per le feste e frequentando qualche occasionale palcoscenico con compagnie di non professionisti. Curiosità vuole che a neanche vent'anni, trasferitosi a Roma per frequentare l'università, venga coinvolto nelle indagini del sequestro di Aldo Moro come testimone oculare involontario della strage di Via Fani del 16 marzo 1978. Proprio nella capitale si avvicina per la prima volta al mondo del doppiaggio assieme al fratello Lino (tuttora celebre dialoghista) con la semplice idea di guadagnare qualche soldo e potersi mantenere una carriera d'attore. Le sue esperienze teatrali si formano dapprima al Teatro Stabile di Trieste, dove rimane per un'intera stagione, successivamente nella compagnia di Antonella Steni, grazie alla quale affina tono e impostazione della sua voce tramite esperienze come speaker radiofonico. Lungo tutto il corso degli anni Ottanta porta così avanti entrambi i mestieri: da una parte donando la sua voce ruvida e virile a vari personaggi di film d'azione (come ad esempio Damon Wayans per L'ultimo boyscout o Jean-Claude Van Damme in I nuovi eroi), dall'altro proseguendo con successo la sua attività teatrale, durante la quale lavora per un altro celebre doppiatore italiano, Gigi Angelillo (la voce storica di Zio Paperone nella serie animata Duck Tales e dell'alieno Alf).

La voce, prima di tutto
La virata che lo porta definitivamente a divergere verso la prima delle due carriere avviene in seguito al 1993, quando doppia con straordinario successo Tom Hanks con la petulante voce di Forrest Gump e l'intensa interpretazione nel film Philadelphia di Denzel Washington (attore a cui resta felicemente legato per tutta la futura carriera). Da questo momento diventa uno dei più apprezzati e professionali doppiatori del mondo italiano, divenendo l'inconfondibile voce di alcuni dei divi americani più apprezzati, fra i quali George Clooney, Antonio Banderas, Kevin Spacey e anche William L. Petersen, il Gil Grissom della serie CSI - Scena del crimine. Quando anche le scelte sentimentali sembrano volerlo confinare al solo mondo dei "prestavoce" (si sposa con la doppiatrice di Michelle Pfeiffer ed Emma Thompson, Emanuela Rossi, ed ha con lei un figlio, Andrea), ecco che invece Francesco avvia a metà degli anni Novanta una vera e propria gavetta come attore per cinema e televisione. Ottiene piccoli ma consistenti ruoli nei film di Luciano De Crescenzo (Croce e delizia) e di Aldo, Giovanni e Giacomo (Così è la vita) e nelle principali fiction tv (Una donna per amico 2; Carabinieri; La squadra e Distretto di Polizia 5). Così, mentre ottiene numerosi premi e riconoscimenti per il suo lavoro come doppiatore, riesce anche a conquistarsi una discreta fama come volto versatile quanto i suoi timbri vocali, capace di interpretazioni di drammatica intensità (è il "Riccetto" nel film sui Fatti della banda della Magliana e il Boss dei due mondi Tommaso Buscetta in una fiction dedicata a Giovanni Falcone), così come più brillanti e divertenti (Notturno bus di Davide Marengo e il pazzoide regista René nella sit-com Boris).< br/>
Il volto di Francesco
Proprio sul set di questa sit-com sul mondo delle fiction televisive ha rivelato anche un'aspirazione per la poesia, dilettandosi a decantare sue personali composizioni liriche fra il serio e il faceto, in italiano e in dialetto romanesco. I suoi impegni nella stagione 2007-2008 sono tanto attivi nelle consuete interpretazioni vocali quanto nella partecipazione fisica a svariati progetti, da quelli più giovanilisti per il cinema (Lezioni di cioccolato; Questa notte è ancora nostra) a quelli per l'ampia fascia del pubblico televisivo (fra i più rilevanti, è il Gatto nella nuova versione di Pinocchio e ha preso parte ad una fiction in costume su Pompei).
Dopo la divertente parte di Son Sei nella serie televisiva I Cesaroni, Francesco si lascia dirigere da due giovani registi al loro esordio: compare infatti in Diverso da chi? di Umberto Carteni, al fianco dell'ex gieffino tv Luca Argentero e di una scatenata Claudia Gerini, ma soprattutto in L'uomo fiammifero di Marco Chiarini, dove interpreta il simpatico e burbero padre di Simone (Marco Leonzi), costretto fra orti, galline e maiali. È nel cast del film natalizio di Leonardo Pieraccioni, Io & Marilyn e nell'opera prima di Isotta Toso, Scontro di civiltà per un ascensore a piazza Vittorio, tratto dall'omonimo e felice romanzo dell'algerino Amara Lakhous. Lo ritroviamo nelle rocambolesche avventure di Maschi contro femmine, ultimo lavoro di Fausto Brizzi, dove interpreta Vittorio, l'infedele marito di Nicoletta (Carla Signoris), che viene sbattuto fuori casa.
Il 2011 si rivela un altro anno felice per la carriera attoriale di Pannofino. Esce infatti nelle sale Boris - Il Film, trasposizione cinematografica dell'omonima serie tv di successo, ed è protagonista, accanto ad Enrico Brignano, della commedia Faccio un salto all'Avana. Nel 2012 torna in Poker Generation e nel film sul precariato Workers - Pronti a tutto di Lorenzo Vignolo, e nel 2013 è nel film di Eduardo Tartaglia Sono un pirata, sono un signore. Dopo il film di Paolo Zucca con Accorsi L'arbitro (2013), interpreta la commedia Ogni maledetto Natale (2014) e partecipa al film d'esordio di Alberto Caviglia Pecore in erba. Sarà poi nel secondo film da regista di Laura Morante Assolo, e in My Father Jack di Tonino Zangardi. Dopo le commedie Nati 2 volte e Si muore solo da vivi, è nel film di Domenico Ciolfi Il caso Pantani - L'omicidio di un campione (2020).
Tornerà a vestire i panni del mitico René Ferretti in Boris - Stagione 4.