L'interessamento al giornalismo ha portato Bonnie Arnold a ottenere il suo primo incarico professionale nell'industria dell'intrattenimento come addetto stampa per la produzione di debutto dell'American Playhouse, King of America. A seguire, la Arnold cominciò a lavorare con alcuni gruppi indipendenti di film¬maker e si impegnò nella promozione dell'Atlanta Independent Film and Video Festival. Inoltre, è stata supervisore di una presentazione itinerante di film indipendenti, sponsorizzati dall'American Film Institute.
I continui sforzi per riuscire a ottenere i finanziamenti nonostante i rischi che intercorrono con le produzioni indipendenti l'hanno spinta verso la carriera di produttore. Nel 1984 la Arnold lavorò al suo primo grande film hollywoodiano come coordinatore della produzione, La moglie del campione scritto da Neil Simon. Successivamente si occupò della produzione relativa alle parti girate in America di Mosquito Coast, diretto da Peter Weir. Lavorando sempre nella stessa mansione in Leader of the Band, conobbe David Picker il quale le offrì un impiego insieme a lui alla Columbia Pictures. Seguirono incarichi come supervisore alla produzione in film come Hero, Un gentleman a New York, Jamaica Cop e Revenge -Vendetta. La conoscenza pregressa con Kevin Costner e la sua reputazione a gestire produzioni complesse la portarono a lavorare al western epico vincitore di numerosi Oscar, Balla coi Lupi.
Poco dopo, nel 1992 Bonnie Arnold iniziò la sua carriera nel mondo dell'animazione quando fu ingaggiata dalla Walt Disney Pictures per la produzione di una pietra miliare, il primo lungometraggio completamente sviluppato in computer grafica, Toy Story (1995), che è anche il primo film nato dalla fortunata joint venture con la Pixar. Nel 1999 seguì il successo di Tarzan. Nel 2006, ha prodotto inoltre La gang del bosco per la DreamWorks, con cast di doppiatori d'eccellenza, tra cui Bruce Willis e Garry Shandling. Bonnie Arnold ha prodotto il lungometraggio animato della DreamWorks How to Train Your Dragon.