Regista italiano indipendente, da sempre attento ai diritti umani e civili delle minoranze e alle tematiche di impegno sociale, Marco Simon Puccioni nasce a Roma, dove scopre la sua passione per il cinema e lavora come assistente alla regia. Nel 1989 si laurea in Architettura e realizza il suo primo cortometraggio, Concertino, prodotto dalla RAI per la trasmissione "Passione Mia". Nello stesso anno, grazie a una borsa di studio, si trasferisce negli Stati Uniti, dove consegue il Master in regia cinematografica al California Institute of the Arts di Los Angeles, autentico punto di riferimento per il cinema indipendente della West Coast. Negli States realizza diversi corti e mediometraggi, ottenendo premi e riconoscimenti in svariati festival. The Blue Fiction (1991), mediometraggio ispirato ai testi della scrittrice e regista francese Marguerite Duras, vince il Premio del Pubblico al Festival Cinemagiovani di Torino. Tornato in Italia nel 1993, Puccioni fonda una società di produzione indipendente, tramite cui realizza pubblicità e collabora con le reti RAI e Mediaset, dirigendo documentari e fiction per trasmissioni televisive. Nel 1996, insieme a Roberto Giannarelli e Massimo Guglielmi, idea il progetto Intolerance, film-catalogo collettivo contro l'intolleranza, che coinvolge più di cinquanta autori del cinema italiano e mille tecnici, che hanno lavorato gratuitamente per realizzare un documento in favore della multiculturalità e della differenza individuale. Oltre a realizzare l'episodio "Ottant'anni di Intolerance", Puccioni coordina il lavoro degli altri registi e cura l'edizione del lungometraggio presentata al festival di Venezia, dove consegue dei riconoscimenti per l'impegno sociale. Per realizzare il progetto è nata l'associazione "Cinema Senza Confini", di cui Puccioni è presidente, tesa a spronare l'elitario mondo cinematografico a occuparsi di temi come il razzismo e la xenofobia. Nel 1997 il regista dirige, con Guido Chiesa, Davide Ferrario, Antonio Leotti e Daniele Vicari, il documentario Partigiani. L'anno successivo, ispirandosi a un racconto del premio Strega Alessandro Barbero, gira il cortometraggio Sell Your Body, Now!, che vince diversi premi internazionali. Sempre nel 1998 prende parte a un altro film collettivo, Gli ultimi della classe, così come nel 2002 con La primavera del 2002. L'Italia protesta l'Italia si ferma. Per dare visibilità a un cinema, quello indipendente e di impegno sociale, che spesso non ne ha, nel 1996 il regista fonda, insieme a Mario Mazzarotto, la società di produzione Intelfilm e nel 2008 la casa di distribuzione Movimento Film. Dopo la divisione tra i soci fondatori nel 2010, Puccioni dirige soltanto la Intelfilm. Nel 2004 fonda l'associazione "RING", forum dei registi di cinema di opere prime, e nel 2008 è tra i fondatori dell'associazione "100autori", il sindacato italiano degli autori di cinema e televisione.

I lungometraggi
Puccioni esordisce alla regia di un lungometraggio di finzione con Quello che cerchi (2001), un road movie girato tra Torino e Napoli, che, tra riflessioni filosofiche e atmosfere surreali, rivela i sentimenti delle famiglie allargate e la complessità dell'omosessualità, tenendo ben presente sullo sfondo l'antagonismo sociale. Accolto dalla stampa italiana e straniera come uno dei migliori esordi dei primi anni Duemila, Quello che cerchi è stato nominato ai David di Donatello come migliore opera prima e ha ricevuto svariati premi in festival internazionali. Nel 2002 il regista torna al documentario con Tuttigiorni, Vita in Palestina, sulla difficile quotidianità dei territori occupati in Terra Santa, e con La Fortezza vista da basso, incentrato sui movimenti del Forum Sociale Europeo di Firenze. Il suo secondo lungometraggio di finzione, Riparo (2007), presentato al Festival di Berlino nella sezione Panorama, è diventato uno dei film italiani più invitati ai festival internazionali, dove ha ottenuto numerosi riconoscimenti. Storia di due donne che si amano contro le costrizioni sociali e il cui precario equilibrio viene destabilizzato da un giovane immigrato magrebino che si nasconde nel bagagliaio della loro auto, Riparo pone interrogativi sulla consistenza della figura maschile e sugli stereotipi che ancora dominano la società occidentale. Al festival di Venezia del 2009 Puccioni presenta il documentario Il colore delle parole, girato tra il Camerun e l'Italia, che affronta i temi dell'immigrazione e dell'intercultura seguendo il poeta attivista africano Teodoro Njock Ngana, la cui vita diventa una parabola sull'integrazione e sul diritto all'emigrazione, narrata a un paese - l'Italia - che, con il passare degli anni, si è scoperto più intollerante. Nel 2012 il regista dirige il documentario Prima di tutto, parte del progetto "My Journey to Meet You", sulle famiglie omogenitoriali. Nel 2013 Puccioni torna al cinema di finzione con il drammatico Come il vento, con Valeria Golino nei panni di Armida Miserere, una delle prime donne direttrici di carcere in Italia, rigorosa ma schiacciata dalla perdita del compagno, assassinato, e dall'ostilità intorno alla sua funzione.
Dopo il documentario Tuttinsieme (2020), dirige Filippo Timi e Francesco Scianna in Il filo invisibile (2022).