Un'ondata di kaiju emerge da un'area industriale di Tokyo, spingendo il Capitano Gento e lo Special Kaiju Reaction Detachment (SKaRD) a impegnarsi in una battaglia implacabile. Eppure, nonostante i loro sforzi, l'infinito attacco dei kaiju continua. Sospettando un collegamento con Necromass Co., un'azienda chimica avanzata che ricerca carcasse di kaiju e possiede fabbriche nell'area industriale da cui provengono i mostri, SKaRD si precipita dal CEO dell'azienda e famoso chimico, il dottor Mabuse. Nel centro di ricerca della Necromass Co., il dottor Mabuse spiega lo sviluppo della damudoxina, una sostanza sul punto di raggiungere l'immortalità. Nel frattempo appare l'alieno Damuno, che si afferma come il "sovrano dell'universo". Il caos si verifica quando la damudoxina fuoriesce dai serbatoi distrutti, consumando campioni di carcasse di kaiju e dando origine al gigante Gongilgan, la carcassa demoniaca. Ambientato a Tokyo, la capitale del Giappone, Ultraman Blazar e SKaRD si scontrano in una resa dei conti contro il gigante kaiju!.
