Secondogenito del duo conosciuto come "i fratelli Hughes", Allen è strettamente legato al maggiore Albert sia personalmente che nel mondo del lavoro - è per ciò che siamo abituati a sentirne parlare come coppia. Nati l'1 Aprile 1972 a Detroit, sono noti produttori e registi, famosi per prediligere film piuttosto violenti e viscerali.

Origini e infanzia
Di origini miste che richiamano l'Africa da parte di padre e l'Iran, l'Armenia e l'America insieme da parte di madre, i due hanno soltanto nove minuti di differenza e, anche se non hanno mai fatto il test del DNA, presumono di essere omozigoti. I genitori divorziano quando i fratelli hanno appena due anni; in conseguenza a ciò, Albert e Allen si trasferiscono con la madre a Pomona, in California. Lei si occupa della loro istruzione da sola, mandandoli a scuola, e contemporaneamente lavora nel campo musicale; è entusiasta per l'interesse e la propensione dei figli per il mondo del cinema e regala loro una cinepresa all'età di dodici anni - da quel momento i due fratelli non smettono di fare film, una delle loro prime produzioni, nata in ambito scolastico, è il cortometraggio How to be a burglar.

I film di successo
Dopo aver mollato la scuola, i due fratelli iniziano a lavorare a video musicali con attori quali Tone Loc e Tupac Shakur. Il loro primo film, del 1993, è Nella giungla di cemento, la cui prima è al Festival di Cannes; il budget, per due ventenni agli esordi, non è certo minimo: 3,5 milioni di dollari - la pellicola è incentrata su temi che riguardano giovani neri ai margini della società. E ciò che sorprende è che i due non solo girano insieme il film, ma lo scrivono anche, insieme a Tyger Williams. Il risultato è un successo per la critica e per il botteghino e riceve una nomina per l'Independent Spirit Award come primo lungometraggio. Il lavoro che segue è Dollari sporchi (1995), che ruota sempre intorno a gruppi disagiati di neri e ai veterani di guerra del Vietnam, ma non riesce ad avere lo stesso successo dell'opera di debutto. A seguire troviamo American pimp, documentario che indaga sul mondo della prostituzione, la cui prima viene presentata al Sundance Film Festival nel 1999. L'intenzione era quella di adattare sullo schermo il romanzo omonimo di Iceberg Slim, ma qualcun altro prima di loro acquista i diritti e la realizzazione diventa impossibile. Gli Hughes dicono che l'idea generatrice della pellicola nasce parzialmente dal fatto di essere stati cresciuti dalla sola madre, una femminista, ma anche dal coinvolgimento di alcuni familiari proprio nel triste mondo su cui indagano. Distanziandosi un po' come genere, Albert e Allen girano La vera storia di Jack lo Squartatore (2001), trasposizione cinematografica dell'omonima graphic novel di Alan Moore sugli omicidi di "Jack the Ripper" nell'Inghilterra vittoriana, con attori come Johnny Depp e Heather Graham. Considerato troppo crudo e violento da alcuni critici, il film subisce qualche modifica perché la visione non ne sia vietata ai minorenni; come viene detto dagli interpreti stessi, non mancano disaccordi fra i due fratelli a proposito di come girare determinate scene, ad esempio proprio le più brutali; l'uno pensava che la violenza andasse mostrata, l'altro pensava che fosse sufficiente anche uno stile dai toni più smorzati.

Dopo il breve distacco, di nuovo una squadra
E' dopo La vera storia di Jack lo Squartatore che i fratelli Hughes si separano per la prima volta; Allen si occupa della regia di alcuni episodi della serie TV americana Touching evil (di cui il fratello è comunque produttore) e della produzione televisiva Knights of the South Bronx (2005). Albert e Allen tornano insieme per girare il film drammatico e post-apocalittico Codice: Genesi, in uscita il 26 febbraio 2010. Lavorando come squadra, i fratelli si occupano generalmente di aspetti distinti ma complementari: Allen del cast e Albert degli aspetti più tecnici.
A inizio 2013 Allen - questa volta senza il fratello - si occuperà della regia di un torbido thriller ambientato a New York, Broken City, che vede Mark Wahlberg e Russell Crowe nelle vesti di protagonisti.