Anja Kling dopo la maturità avrebbe voluto studiare medicina. Ottiene però un ruolo da protagonista nel film per il cinema di grande successo Grüne Hochzeit (1989), prodotto dalla DEFA. Subito dopo fa la conduttrice del programma per ragazze Paula per la televisione della Repubblica democratica tedesca. Per il film TV Tödliche Wahl ottiene nel 1995 il premio "Goldene Kamera" come migliore attrice emergente. Nel 1998 ottiene a Monte Carlo il premio "Golden Nymph" e il premio della critica per la co-produzione italo-tedesca La Piovra 8.
Anja Kling è comparsa sul grande schermo nel film September di Max Färberböck (2003) nonché nel film per la famiglia La classe volante (2002) di Franziska Buch tratto dal classico di Erich Kästner. Ha inoltre recitato in Dolphins di Farhad Yawaris (1999) e in High Adventure di Mark Ropers (2001). Per la televisione ha recitato tra l'altro in Liebe Schwester di Matti Geschonneck, Die Affäre Semmeling di Dieter Wedels, Omicidi di fuoco di Uwe Janson e Jenseits di Max Färberböck. Il suo più grande successo lo ottiene nel filmparodia di fantascienza, campione di incassi, di Michael Bully Herbig (T)raumschiff (2003), in cui ha potuto mettere in mostra per la prima volta il suo talento comico nel ruolo della Regina Metapha. Nel film natalizio Moose - Un alce in famiglia di Ben Verbong (2005) ha interpretato in modo convincente il ruolo della madre. Anja Kling lavora anche come doppiatrice e ha prestato la propria voce alla protagonista del film di animazione Anastasia (1997) nella versione tedesca. Per finire, Anja Kling, che vive con il marito e i due figli nelle vicinanze di Potsdam, può essere ammirata al fianco di Til Schweiger nella commedia di Anno Saul Wo ist Fred(2006), mentre nel 2009 è la mamma di Maga Martina.