Nel 1996, Jonathan Zarantonello esordisce con un horror girato con gli amici in alcune scuole superiori di Vicenza, Medley, brandelli di scuola. Prodotto atipico per il mercato dell'epoca, partecipa al Fantafestival e a Courmayeur in Noir, entra nel listino della Troma, casa di distribuzione statunitense, e giunge nelle sale italiane nel 2000, ottenendo una candidatura ai Nastri d'Argento come miglior regia esordiente. Nel 1999 realizza il cortometraggio Alice dalle 4 alle 5, con Piera Degli Esposti. Si aggiudica una menzione ai Nastri d'Argento, il Primo Premio al Los Angeles Italian Film Award e a Visioni Italiane di Bologna e il Premio Excelsior del Presidente della Repubblica.
Inizia una collaborazione con Studio Universal, che nel 2002 lo portera a realizzare assieme a Gaia Bracco la serie in animazione Frank Cannazzo, presentata al Festival del Cinema di Venezia e al Future Film Festival.
Nel 2004 e creatore e realizzatore del format tv Cercasi uomo, 10 episodi da 52', per il canale televisivo Fox Life, accolto al Mipcom di Cannes come uno dei nuovi format piu interessanti dell'anno.
Autore del libro "Basta che respirano", edito in Italia da Coniglio Editore, nel 2005 ne trae il lungometraggio UncuT - member only, con Franco Trentalance. Il film viene presentato a Locarno e al Tribeca Film Festival e approda nelle sale americane distribuito dalla Strand Releasing.
Nel 2007 e regista della seconda unita di 48 ore di Eros Puglielli, serie in 12 episodi per Canale 5. E' protagonista di una retrospettiva di cortometraggi al festival Linea d'ombra di Salerno e di un episodio della serie di documentari Italian cinema's stowaways, di Paolo Brunatto.
Nel 2010 gira Spoof, un lungometraggio composto di 100 parodie in coproduzione con Frame by Frame e Sky Cinema. Dopo una lunga post produzione digitale, il film e attualmente inserito nel circuito dei mercati internazionali. E autore del libro "Alice dalle 4 alle 5", dal quale e tratto The Butterfly Room.