In una città che si estende forse all'infinito, fuori controllo al punto da crescere di sua iniziativa, gli umani sono considerati come pesti da eliminare e a questo pensa una legione di robot umanoidi ma nei movimenti simili ai ragni. Un tempo gli uomini governavano la città ma ora hanno perso la capacità di interfacciarsi con le macchine e sopravvivono a stento, tutti tranne un misterioso viaggiatore dotato di una potentissima pistola.

Nel manga originale la storia era molto complessa, a volte anche difficile da comprendere. Volevamo che il film la rendesse più accessibile per il pubblico e più facile da seguire.

Il regista Hiroyuki Seshita ha lavorato fianco a fianco per questo reboot con Tsutomo Nihei, l'autore del manga originale, con cui aveva già collaborato per l'adattamento in forma di serie animata di Knights of Sidonia. Il risultato è fedele nello spirito e se pure c'è più azione che desolazione, molti elementi rimangono comunque assai enigmatici, a partire dal silenzioso e carismatico protagonista Killy.