Nato e cresciuto nell'Iowa Mark Christopher si laurea alla Columbia University Film School di New York e si fa conoscere nel circuito cinematografico grazie al cortometraggio The Dead Boys Club (1993), che guadagna diversi premi, ma soprattutto a Alkali, Iowa (1996) - vincitore del First Place Fiction Film Award all'USA Film Festival, del New Line Cinema Award (a New York), dell'Absolut Auteur Award (a San Francisco) e del Golden Teddy Award (a Berlino) - che lo proietta direttamente a Hollywood.
L'esordio alla regia di un lungometraggio avviene nel 1998: in Studio 54 Christopher ritrae l'era della disco music attraverso la pista e i personaggi che frequentavano il mitico locale degli anni '70.
Nel 2003 ha scritto e diretto Pizza con Ethan Embry, storia di un ragazzo che consegna pizze a domicilio.
