Ha cominciato a lavorare nell'industria dello spettacolo alla Paramount Pictures insieme a Jeffrey Katzenberg. Il primo film da lui prodotto è stato il thriller Kid con C. Thomas Howell.Lasciata la Paramount, McDonnell ha diretto la società di produzione di Henry Winkler, Monument Pictures, contribuendo alla realizzazione dei progetti più vari come Sacco a pelo a tre piazze, Piramide di paura e il primo film diretto da Winkler, Memories of Me. McDonnell è poi stato a capo della società di Steven Seagal, SeagalNasso Productions, dove ha supervisionato lo sviluppo e la produzione di Giustizia a tutti i costi, Trappola in alto mare, Trappola sulle Montagne Rocciose e Sfida tra i ghiacci, potendo così lavorare in tutto il mondo.
McDonnell è poi diventato presidente della Witt/Thomas Films, producendo il film d'azione Three Kings, uno dei film del 1999 più apprezzati dalla critica, con George Clooney, Mark Wahlberg e Ice Cube, e dando il via libera per Insomnia con Al Pacino e diretto da Christopher Nolan.
Si è poi spostato alla Di Novi Pictures, dove ha prodotto I passi dell'amore, con Mandy Moore e Original Sin con Angelina Jolie e Antonio Banderas. ha prodotto anche il film di grande successo 2 cavalieri a Londra, con Jackie Chan e Owen Wilson, Catwoman con Halle Berry e Striscia, una zebra alla riscossa, con le voci di Whoopi Goldberg, Dustin Hoffman, David Spade e Frankie Muniz.
Al momento, McDonnell dirige la Maple Shade Productions sotto il marchio Warner Bros., mantenendo un accordo esclusivo per il diritto di prima scelta