Nell'opera lirica, ambientata tra il 1598 e il 1605, Boris Godunov diventa Zar di tutte le Russie dopo l'uccisione, avvenuta in circostanze misteriose, dell'erede legittimo al trono, lo Zarevic Dmitrij Ivanovic, figlio di Ivan il Terribile, ed aver di fatto esercitato il potere durante il regno di Fëdor I (altro figlio di Ivan), considerato mentalmente inabile per governare. Nonostante i suoi sforzi per mantenere una condotta di regno più umana rispetto a Ivan il Terribile, la Russia precipita presto nel caos e nella povertà. Un giovane monaco, Grigorij, dopo una fuga rocambolesca dal monastero, si fa passare per lo Zarevic Dmitrij e riesce a sposare Marina Mniszech, una nobile polacca; dopo aver convinto il re di quel paese della legittimità del suo matrimonio, il falso Dmitrij organizza l'invasione della Russia da parte delle truppe polacche. Boris Godunov, assillato da sensi di colpa e in preda ad allucinazioni, precipita nella follia e muore, designando il proprio figlio Fëdor come successore.
