Ha ricoperto cariche di massimo livello nell'industria del cinema. E' stata un agente di talento, poi una produttrice dall'ottimo fiuto ed è a desso dirigente di uno dei più famosi studios di Hollywood.
La Wagner ha mosso i primi passi nell'industria del cinema presso la Creative Artists Agency (CAA) dove ha trascorso 15 anni rappresentando alcuni degli attori più famosi ed apprezzati. Nel 1993, ha fondato la Cruise/Wagner Productions con il suo ex cliente della CAA Tom Cruise. per i successivi 13 anni, lei e Cruise hanno prodotto una vasta serie di film di vario genere che hanno ottenuto molti premi, lodi da parte della critica e si sono rivelati dei successi di box office in tutto il mondo. Il primo film uscito per il marchio C/W è stato il successo internazionale Mission: Impossible, che ha valso alla società di produzione il Nova Award for Most Promising Producers in Theatrical Motion Pictures nel 1997. La C/W ha quindi proseguito producendo una lunga serie di film di successo come Conout Limits, L'inventore di favole, NarcAnalisi di un delitto, The Others, Vanilla Sky, Elizabethtown, L'ultimo Samurai e Chiedi alla polvere, per non menzionare il blockbusters internazionale diretto da Steven Spielberg La guerra dei mondi (del quale la Wagner è stata produttore esecutivo) e Mission: Impossible II e Mission: Impossible III, che la Wagner ha prodotto. In tutto, nella decade trascorsa tra Mission: Impossible e Mission: Impossible III, i film prodotti dalla Cruise/Wagner Productions hanno incassato oltre 3 miliardi di dollari in tutto il mondo.
A novembre del 2006, la Wagner ha intrapreso una nuova attività nel ruolo di coproprietaria della United Artists Entertainment, LLC (insieme a Cruise e alla Metro-Goldwyn-Mayer Inc.) ed è anche il direttore della società, della quale supervisiona tutte le operazioni quotidiane. Lei e Cruise hanno assunto il controllo della United Artists con l'obiettivo di resuscitare il venerabile studio fondato quasi 90 anni fa da Charlie Chaplin, Douglas Fairbanks, Mary Pickford e D.W. Griffith. Da quel momento, lo studio resuscitato ha fatto uscire il suo primo film, il thriller politico Lions for Lambs, diretto da Robert Redford ed interpretato dallo stesso Redford insieme a Meryl Streep e a Cruise, e si prepara a far uscire, nel 2009, il thriller sulla Seconda Guerra Mondiale Valkyrie, diretto da Bryan Singer ed interpretato da Cruise.
La Wagner ha ricevuto dalla rivista Premiere l'ambito premio Women in Hollywood Icon , nel 2001. L'anno seguente è apparsa in Women on Top di Bravo, un documentario sulle donne più straordinarie dell'industria dell'intrattenimento. Nel 2004, lei e Cruise sono stati onorati del titolo di "Produttori da Un Miliardo di Dollari" dal Daily Variety. Lo stesso anno, la Wagner e Cruise hanno ricevuto il premio UCLA/Producers da parte della Guild of America Vision. Nel 2006, la Wagner ha ricevuto l'Excellence in Producing Award al Sarasota Film Festival ed è stata presidente della giuria della sezione Prima Regia al Festival di Venezia. La Wagner è anche stata co-direttrice dell' Hollywood Film Festival per numerosi anni. E' anche stata premiata dalla Costume Designers Guild con il premio Swarovski President nel 2008.
La Wagner è anche membro del consiglio della Carnegie Mellon University, dove ha conseguito un baccalaureato in belle arti. E' un membro del consiglio dei registi della American Cinematheque e del comitato esecutivo della UCLA School of Theater, Film and TV. La Wagner è anche un membro del consiglio dell'Interlochen Center for the Arts e del National Film Preservation Foundation tramite la Biblioteca del Congresso.