Giovanni Piperno nasce a Roma il 28 gennaio 1964. Dopo la maturità classica, segue un corso triennale di fotografia dell'Istituto Europeo di Design e poi un seminario di fotografia con Leonard Freed dell'Agenzia Magnum.
Agli inizi degli anni Ottanta comincia a lavorare come fotografo per alcuni quotidiani italiani, poi nel 1987, lavora come aiuto e assistente operatore in spot pubblicitari italiani e internazionali.
L'anno seguente passa al grande schermo diventando operatore per Terry Gilliam in Le avventure del Barone di Munchausen con John Neville, Eric Idle, Sarah Polley, Oliver Reed, Uma Thurman, Valentina Cortese e Jonathan Pryce. In seguito, collaborerà anche con Martin Scorsese, Nanni Moretti, Tarsem Singh, Moshe Brakha, Riccardo Milani, Dante Spinotti e tanti altri sia in veste di fotografo di scena (come nel caso di Una vita scellerata del 1990 con Max von Sydow) e sia come caricatore alla cinepresa (come Dellamorte Dellamore del 1994 con Rupert Everett).
Nel 1992 comincia a co-produrre e co-dirigere videoclip e documentari con Laura Muscardin e dal 1999 al 2001 con Agostino Ferrente (Intervista a mia madre, 2000).
Nel 1997 ha abbandonato il lavoro di assistente operatore per dirigere programmi televisivi e documentari, anche brevi come Il mio nome è Nico Cirasola (1998), dove il regista fa un divertente ritratto di se stesso fra spezzoni dei suoi film e le testimonianze delle persone che lo hanno conosciuto, e Il mio nome è Mario (1999), che racconta la storia di un disoccupato pugliese che per racimolare qualche soldo fa il custode in un presepe all'aperto.

La candidatura ai David di Donatello
Nel 2003 realizza il suo primo documentario lungo L'esplosione che viene candidato ai David di Donatello.
Nel 2006 arriva This is My Sister e due anni più tardi Cimap! Cento Italiani Matti a Pechino (2008), resoconto di un viaggio in treno da Venezia a Pechino affrontato da 77 pazienti di una clinica psichiatrica. Nel 2010 arriva Il pezzo mancante che, invece, descrive la dinastia Agnelli.