Ha lavorato precedentemente con Christopher Nolan per la sceneggiatura di Batman Begins, che ha vinto il Saturn Award della Academy of Science Fiction, Fantasy and Horror. Goyer si è conquistato una fama stellare per aver scritto per il cinema storie di personaggi presi principalmente dal mondo dei supereroi dei fumetti, della fantasia e del soprannaturale. Attualmente sta lavorando sul thriller soprannaturale The Unborn, interpretato da Gary Oldman e da Odette Yustman, di cui cura la regia basata su una sua sceneggiatura.
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Il successo di Goyer è arrivato nel 1998 quando ha scritto l'adattamento cinematografico per il film d'azione di grande successo Blade, interpretato da Wesley Snipes e basato sul cacciatore di vampiri della Marvel Comics anch'egli mezzo vampiro. Nel 2002 ha scritto il sequel Blade II, del quale è stato anche produttore esecutivo. Ha diretto, scritto e prodotto l'ultimo episodio della trilogia Blade: Trinity. Goyer è stato anche produttore esecutivo di Blade: The Series per la Spike TV, che è stata la prima serie di questa rete con sceneggiatura originale.
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Nel 2002, Goyer si distacca dai film d'azione con il suo debutto alla regia in ZigZag, una commedia toccante interpretata da Wesley Snipes, John Leguizamo, Oliver Platt, Natasha Lyonne e Sam Jones III. Oltre a ZigZag e Blade: Trinity, Goyer lo scorso anno ha diretto il thriller soprannaturale Invisible, interpretato da Justin Chatwin e Margarita Levieva.
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Cresciuto ad Ann Arbor, Michigan, Goyer ha sempre desiderato scrivere fumetti fin da bambino e questa sua passione lo ha poi spinto a trasferire i personaggi dei fumetti sul grande schermo. Ha venduto il suo primo copione d'azione all'età di 22 anni, mentre frequentava ancora la USC, che è poi diventato il thriller di Jean Claude Van Damme Colpi proibiti Tra gli altri suoi lavori ricordiamo la sceneggiatura del film molto acclamato dalla critica Dark City.
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L'amore per i fumetti da parte di Goyer lo ha portato anche a lavorare per un periodo di quattro anni per la DC Comics. Ha infatti co-scritto The Justice Society, che ha rappresentato un album di fumetti di grande successo della DC.
