È conosciuto per il ruolo nella trilogia de Il Signore degli Anelli (The Lord of the Rings). Ha interpretato la parte di Charlie nel telefilm di enorme successo Lost. In precedenza, era stato impegnato nella serie drammatica della televisione britannica Hetty Wainthropp Investigations.
Al cinema, ha anche lavorato a Spivs, The Purifiers e Shooting. I suoi ultimi progetti per il grande schermo comprendono Pet e I Sell the Dead, che è stato mostrato allo Slamdance.
Monaghan ha unito due delle passioni della sua vita, la fotografia e la natura, grazie alla sua prima mostra, svoltasi all’inizio del 2008, Happy Accidents.