Nel 2000, la colonna sonora composta da Joby per la commedia The League of Gentlemen ha vinto il Royal Television Society Award quale Miglior sigla a cui hanno fatto seguito una serie di prestigiosi lavori per la BBC, incluso Chambers, Grass, Wild West e Psychoville. Joby ha poi composto le musiche per The League of Gentlemen's Apocalypse per il grande schermo e nello stesso anno ha scritto le musiche per l'adattamento cinematografico di Guida galattica per autostoppisti. Da allora, Joby ha composto le colonne sonore per Sixty Six della Working Title, Arctic Tale e Penelope per la Paramount, Son of Rambow, La mia vita è un disastro, Franklyn e Is Anybody There?. Più di recente, Joby ha composto le musiche per Hunky Dory, una produzione Big Pond Productions. Nel 2006 ha prodotto e arrangiato un album di canzoni per i White Stripes. Chiamato Aluminium, l'album ha ottenuto le lodi della critica ed è servita come base per la nuova coreografia eseguita dal Royal Ballet alla Royal Opera House di Londra, a Covent Garden. Come compositore classico, Joby ha lavorato con tutte le grandi orchestre del Regno Unito.