Henry Alex Rubin ha studiato cinema alla Phillips Academy e alla Columbia University .
Figlio del noto storico dell'arte James H. Rubin, ha trascorso la sua vita tra l'Europa e gli Stati Uniti. Rubin ha esordito con il film Who is Henry Jaglom? e ha poi diretto la seconda unità in diversi film di James Mangold, tra cui Cop Land e Ragazze interrotte. Ha co-diretto il documentario Murderball con Dana Adam Shapiro (Premio del Pubblico al Sundance Film Festival e nominato per un Academy Award come Miglior Documentario) ed è stato regista di diversi spot pubblicitari di Smuggler, per marchi come Adidas , Volvo , Samsung , AT & T e Coca Cola.
Recentemente ha diretto il lungometraggio Disconnect con Jason Bateman, presentato al Toronto International Film Festival e fuori concorso alla 69. Mostra del Cinema di Venezia, nel 2012.