Margherita Ferri nasce a Imola, dove fin da giovanissima si dedica al teatro e alla produzione video. Durante l'università trascorre un anno presso la UCLA School of Film and Television e quando si laurea in Scienze della Comunicazione i suoi cortometraggi hanno già girato festival internazionali.
Ammessa al Centro Sperimentale di Cinematografia nella classe di regia, si trasferisce a Roma dove, oltre a realizzare cortometraggi, lavora in grandi set prima come assistente e poi come regista di backstage e regista di seconda unità. Inizia inoltre una attività come filmmaker per produzioni televisive. Si diploma con un documentario girato in Kenya e realizza Generazione d'azzardo su tre giovani giocatori di poker professionisti.
Come sceneggiatrice vince menzioni speciali al Premio Solinas Storie per il Cinema e al Premio Tonino Guerra con la sceneggiatura The Hold. Nel 2014, in un team di tre registi/autori, vince il concorso "Are you series?" del Milano Film Festival e Banca Prossima e realizza la webserie STATUS girata tra Italia e Albania. Nel 2015 dirige la docu-serie "Chiedi a Papà" per Rai3 prodotta da Indigo Film e Ivan Cotroneo. Nel 2016 ha co-creato una serie documentaria branded content sulle donne che lottano per il cambiamento sociale nei paesi arabi prodotta da Filmmaster MEA per la rete araba MBC1.
Il suo primo lungometraggio di finzione, Zen sul ghiaccio sottile, è stato vincitore del programma Biennale College Cinema.
Come sceneggiatrice ha poi scritto l'horror The Nest, presentato al Festival di Locarno nel 2019. Nello stesso anno è stata nominata come miglior regista emergente ai Nastri d'Argento (Premio della Stampa e della Critica Cinematografica Italiana) e nel 2022 ha vinto una menzione speciale nel concorso per cortometraggi. Lavora anche come regista per Netflix e Amazon Italia. Ha diretto gli episodi della serie originale Netflix ZERO (2021) e della serie Amazon Prime Video Bang Bang Baby (2022), un dramma al femminile ambientato negli anni '80.
Nel 2024 ha diretto Il ragazzo dai pantaloni rosa, che racconta la storia vera di Andrea Spezzacatena, il quindicenne italiano vittima di bullismo scolastico che si tolse la vita il 20 novembre 2012.