Settembre 1973. L'Uruguay è sotto il controllo di una dittatura militare. Il movimento di guerriglia dei Tupamaros è stato schiacciato e smantellato da un anno. I suoi membri sono stati imprigionati e torturati. In una notte di autunno, nove prigionieri Tupamaro vengono portati via dalle loro celle nell'ambito di un'operazione militare segreta che durerà 12 anni. Da quel momento in poi, verranno spostati, a rotazione, in diverse caserme sparse nel Paese e assoggettati a un macabro esperimento; una nuova forma di tortura mirata ad abbattere le loro capacità di resistenza psicologica.
Tra di loro c'è anche Pepe Mujica, futuro Presidente dell'Uruguay.

In occasione dell'uscita al cinema di Una notte di 12 anni (guarda la video recensione), il regista Álvaro Brechner racconta la genesi del film.