Nel 1989 il presidente argentino Menem emana un indulto e tutti i membri dei principali gruppi rivoluzionari e gli esponenti della dittatura militare che si sono macchiati di crimini come la tortura e l'assassinio politico vengono scarcerati. Il film racconta quella fase e lo fa partendo da una lunga sequenza ambientata nel cimitero di Avellaneda. Nella fossa comune clandestina dove gli oppositori politici del regime venivano sepolti, un gruppo di ricercatori - l'Equipo Argentino de Antropología Forense - lavora senza sosta, cerca di dare un nome e un'identità ai corpi di tanti desaparecidos, leggendo gli scheletri come fossero libri, identificando ferite, segni, fori di proiettili. Il primo passo per arrivare a incriminare gli aguzzini e ristabilire quella giustizia che la politica ha scelto di non garantire. Karina Manfil ha vent'anni e vuole ritrovare i suoi genitori, militanti peronisti, spariti nel 1976. Sopravvissuta al massacro della famiglia, si apre a un dialogo con gli anatomo-patologi nella speranza di seppellire i suoi morti e tornare così alla vita. Mescolando materiali d'archivio e riprese originali, Incalcaterra fa parlare i protagonisti dell'Argentina post-dittatura, cercando di smascherare chi, come l'ex generale Albano Eduardo Harguindeguy, si cela dietro l'ipocrisia di chi ha ucciso e seminato il terrore limitandosi a «eseguire gli ordini superiori».