Tim Goodman, ex allenatore Pokémon che ha perduto la facoltà di comprendere le magiche creature e figlio del detective Harry, arriva a Ryme City per lavorare a fianco del padre. Qui scopre però che Harry è scomparso e che il suo ex collaboratore, il detective Pikachu, è affetto da amnesia. Tim e l'imprevedibile Pokémon, stranamente in grado di a capirsi l'un l'altro, si mettono a caccia del padre del ragazzo, aiutati dalla reporter Lucy Stevens. I tre scopriranno un complotto gestito da un uomo chiamato Sebastian e dal suo Charizard, rintracciando Harry e frenando la minaccia che mette in pericolo l'esistenza stessa dell'universo Pokémon.

«Quando sono entrato a far parte del progetto mi è stato sottoposto il personaggio del Detective Pikachu, e mi sono innamorato della sua storia. [...] Poiché si era già fatto così tanto con la figura di Ash, per il primo film in live-action ho pensato fosse un'ottima idea provare qualcosa di nuovo con un personaggio diverso, per quanto inserito nell'universo dei Pokémon. Il film segue perciò tutte le regole della serie, e non mancano molte delle cose che tutti quanti amiamo».

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