Tim Goodman, ex allenatore Pokémon che ha perduto la facoltà di comprendere le magiche creature e figlio del detective Harry, arriva a Ryme City per lavorare a fianco del padre. Qui scopre però che Harry è scomparso e che il suo ex collaboratore, il detective Pikachu, è affetto da amnesia. Tim e l'imprevedibile Pokémon, stranamente in grado di a capirsi l'un l'altro, si mettono a caccia del padre del ragazzo, aiutati dalla reporter Lucy Stevens. I tre scopriranno un complotto gestito da un uomo chiamato Sebastian e dal suo Charizard, rintracciando Harry e frenando la minaccia che mette in pericolo l'esistenza stessa dell'universo Pokémon.
