Nato e cresciuto a Piancastagnaio, in provincia di Siena, dopo essersi laureato in architettura, insegna educazione tecnica presso vari licei della provincia di Firenze, stabilendosi poi a Scandicci. In seguito diventa vignettista, e crea il personaggio di Bobo, che lo ha reso famoso, dichiaratamente ispirato a se stesso. Bobo è stato pubblicato per la prima volta nel 1979 sulla rivista "Linus", diretta da Oreste Del Buono.
Negli anni '80 inizia a collaborare con vari quotidiani, in particolare "Il Messaggero" e "l'Unità". Nel 1986 fonda e dirige il settimanale satirico "Tango" e nel 1987 realizza per Rai 3 il programma Teletango. Successivament realizza per la Rai il programma Cielito lindo, un varietà satirico condotto da Claudio Bisio e Athina Cenci.
Debutta nel mondo del cinema nel 1989, dirigendo e sceneggiando il film Cavalli si nasce, mentre nel 1992 Non chiamarmi Omar, sviluppato a partire da un racconto di Altan. Nel 2007 realizza Emme, "periodico di filosofia da ridere e politica da piangere", supplemento settimanale de l'Unità, continuando le sue collaborazioni anche con televisione, cinema e teatro.
Per un periodo è stato direttore de "l'Unità". Nel 2017 inizia invece la collaborazione tra Staino e "La Stampa", con "La striscia di Bobo" ogni sabato nella sezione Lettere e Commenti del giornale, mentre nel 2018" collabora con il quotidiano "Avvenire" pubblicando una serie di vignette intitolate "Hello Jesus". Colpito da una degenerazione retinica negli ultimi anni, diventa di fatto quasi cieco.
Muore a Firenze nell'ottobre del 2023.