Lianne Halfon ha iniziato a lavorare per il cinema a New York. Dopo diversi incarichi di basso livello è tornata a Los Angeles per lavorare alla A&M Films, il braccio che si occupa di film indipendenti della A&M Records per il quale è stata vice presidente della produzione.
Dopo che la A&è stata acquisita dalla Polgram, Lianne si è messa in proprio e nei tre anni successivi ha prodotto lo spettacolo teatrale 'Libra' con Russell Smith in scena allo Steppenwolf Theater di Chicago, per la regia di John Malkovich e ispirato al romanzo di Don DeLillo. In seguito, la Halfon ha sviluppato e prodotto il film per la HBO A Good Baby, diretto da Katherine Dieckmann e interpretato da Henry Thomas e David Strathairn. È stata la produttrice esecutiva di Crumb, premiato con il Gran Premio della Giuria al Sundance ed è entrato nella lista dei "10 Best" film in tempo record.
Nell'aprile del 1998, la Halfon ha fondato la società Mr. Mudd con i soci Russell Smith e John Malkovich e insieme hanno prodotto Ghost World. Diretto da Terry Zwigoff e interpretato da Thora Birch, Scarlet Johansson e Steve Buscami, il film è stato scritto dagli stessi registi - al loro debutto come sceneggiatori, ed è stato candidato all'Oscar. Successivamente ha prodotto Danza di sangue-Dancer Upstairs, diretto da Malkovich e interpretato da Javier Bardem, seguito dal documentario diretto da John Walter e Andrew Moore How To Draw A Bunny, premiato con il premio della Giuria al Sundance Film Festival del 2002. In seguito, la Halfon e i suoi soci hanno prodotto Some Assembly Required, un documentario diretto da Walter per la serie del Sundance Channel sul Primo Emendamento, in collaborazione con Court TV. Più recentemente la Mr. Mudd ha prodotto The Libertine con Johnny Depp, John Malkovich e Samantha Morton e Art School Confidential, un'altra collaborazione con Zwigoff e Clowes, distribuito nel 2006 dalla Sony Classics. Dopo due anni di preparazione, il documentario Which Way Home, sviluppato dalla HBO e diretto da Rebecca Cammisa, è attualmente in fase di lavorazione in Messico.
Dopo Juno, una produzione Mr. Mudd con Mandate Pictures, la Halfon e i suoi soci torneranno a collaborare con John Walter per l'adattamento del romanzo di Lawrence Joseph Lawyerland.