Scozzese imponente (è alto 185 cm) e di bell'aspetto, Iain Glen frequenta l'Accademia di Edinburgo prima, l'Università di Aberdeen poi, il RADA di Londra infine. Alla fine del suo apprendistato, vince la Medaglia d'oro intitolata ad Anne Bancroft.
Comincia ad apparire in teatro, la sua prima vocazione, interpretando soprattutto Shakespeare: è Macbeth al Tron Theatre, Enrico V per la Royal Shakespeare Company.
Dal teatro passa presto alla televisione e poi al cinema, legandosi a progetti tanto indipendenti quanto blockbuster, senza per questo mutare attitudine o professionalità. Nel 1985 compare in un piccolo ruolo nella serie mystery di culto Taggart, prima di apparire per la prima volta sul grande schermo nel 1987, con Will You Love Me Tomorrow. Glen torna quindi alla televisione, per la serie The Fear.
Gli anni successivi sono pieni di impegni e di successi personali, a partire dall'interpretazione nel premiato Gorilla nella nebbia (1988) e, poi, in Rosencrantz e Guildenstern sono morti (1990), bizzarra rilettura 'amletica' da parte del talento precoce di Tom Stoppard.
Il successo arriva per il suo ruolo in Silent Scream (1990) di David Hayman, per cui ottiene il premio per il miglior attore al Festival di Berlino. Il 1990 è anche l'anno della collaborazione con Bob Rafelson per l'enigmatico Le montagne della luna. Torna all'antico amore, il teatro, nell'adattamento di "Martin Guerre" e in "The Blue Room" con Nicole Kidman, per i quali viene nominato per il Laurence Olivier Theatre Award nel 1996 e nel 1999.
Cinema e teatro appaiono assolutamente interscambiabili nella sua carriera artistica; alla stessa stregua, il suo impegno ed entusiasmo, anche per progetti del tutto commerciali, come nel caso di Tomb Raider (2001), in cui interpreta l'antagonista di Angelina Jolie nei panni della sexy eroina da videogioco Lara Croft.
Continua la sua ricerca di parti e produzioni diversificate: lo tenta l'horror iberico di Darkness di Jaume Balaguerò, poi il sentimentalismo storico del Roberto Faenza di Prendimi l'anima, in cui interpreta nientemeno che il celebre psichiatra Carl Jung. Il regista italiano lo rivorrà anche ne Il caso dell'infedele Klara (2009), mentre Phyllida Lloyd lo chiamerà per il film sulla 'lady di ferro' The Iron Lady (2011). Nel 2015 recita ne Il diritto di uccidere di Gavin Hood e l'anno dopo in Resident Evil: The Final Chapter di Paul W.S. Anderson, mentre è atteso in My Cousin Rachel (2017) di Roger Michell.
Dalla moglie Susannah Harker, sposata nel 1993 e separatisi nel 2004, ha avuto un figlio, Finlay.