Dopo aver vinto una competizione per una borsa di studio, quattro bambini prodigio vengono reclutati dal bizzarro Signor Benedict per una pericolosa missione per salvare il mondo da una crisi globale, conosciuta come L'Emergenza. Reynie, Sticky, Kate e Constance devono infiltrarsi nel misterioso Istituto per l'apprendimento della Veritas e dell'Illuminazione per scoprire la verità che si nasconde dietro la crisi. Quando il preside, il sofisticato Dottor Curtain, viene identificato come il probabile responsabile di questo panico mondiale, i ragazzi de Il Misterioso Club Benedict devono escogitare un piano per sconfiggerlo.