Una delle particolarità del film è rappresentata dalle ricostruzioni storiche, che consentono di immergersi nel mondo rinascimentale di Raffaello, creando empatia e coinvolgimento dello spettatore nella vita e opere dell'artista.

Le ricostruzioni storiche introducono i capitoli di digressione artistica che sono suddivisi a livello macro in: l'infanzia ad Urbino e la formazione, il periodo fiorentino, il periodo in Vaticano, il periodo romano, la morte.

Per garantire la massima attendibilità storico scientifica anche sulle ricostruzioni, la scelta è stata di ispirarsi a dipinti dell'800 francese dedicati ai momenti cruciali della vita di Raffaello, periodo in cui sviluppò un vero e proprio mito dell'artista.

Sempre nell'ottica di garantire la massima attendibilità scientifica nelle ricostruzioni storiche, la produzione ha inoltre commissionato a importanti artisti e artigiani italiani, che lavorano abitualmente con i Musei, le riproduzioni in scala reale di alcune delle opere di Raffaello e altri artisti che compaiono nelle scene di fiction, tra cui Trasfigurazione dalle dimensioni enormi di 4 metri per 3.

I costumi, tutti realizzati su misura per gli attori del film, sono oltre 40 di cui 10 originali, compreso il ricco e sensuale abito della dama Velata, con una fedele riproduzione di colori, stoffe e materiali. Un'attenta ricostruzione filologica e storica, è applicata anche alle scenografie, per le quali sono stati utilizzati centinaia di oggetti di scena, tra cui l'ornitottero realizzato a partire dai disegni originali di Leonardo e le ricostruzioni di ambienti storici come gli studi di Raffaello e Leonardo.