Sono passati dieci anni da quando delle scimmie rese più evolute da un virus confezionato dagli uomini sono evase e hanno combattuto gli esseri umani sul ponte di San Francisco. In questo periodo la razza umana è stata quasi annichilita da quello stesso virus che si è rivelato per loro letale, è rimasta in vita solo una piccola percentuale di persone naturalmente immuni. Dall'altra parte le scimmie, sempre capitanate da Cesare, si sono ritirate nella foresta, hanno creato una loro città, vivono in pace, cacciano e procreano nella convinzione che ormai gli uomini non esistano più. L'incontro tra le due razze (gli uomini devono avere accesso ad una diga vicino al villaggio delle scimmie per poter riottenere l'elettricità) porterà ad una spaccatura tra chi vuole la guerra e chi invece pensa si possa vivere in pace.
