Dopo aver causato l'apocalittico Near Third Impact e la morte di Kaworu, Shinji Ikari non sa darsi pace ed è intrappolato in uno stato di semi-catatonia. Mentre si trova a esplorare quel che è rimasto della Terra insieme agli altri piloti di Evangelion, Asuka e Rei, prende coscienza del fatto che sul mondo sono trascorsi 14 anni e molte cose sono cambiate, mentre lui è rimasto adolescente. Tuttavia i piani della NERV di annientare la razza umana per rifondarla su basi migliori non sono ancora stati sventati e presto Shinji dovrà ritrovare la forza di pilotare la sua unità Eva.
A ventisei anni di distanza dalla prima televisiva di Neon Genesis Evangelion, e a 24 dall'epilogo cinematografico The End of Evangelion, la nuova e definitiva versione cinematografica denominata Rebuild of Evangelion trova la sua conclusione.