Ha vinto il London Film Critics’ Circle Award per il suo ruolo di Truman Capote nell’apprezzata biografia televisiva dell’autore, dal titolo Infamous. Di recente ha recitato al fianco di Bill Murray e Tim Robbins nel film fantasy City of Ember. E’ stato inoltre il coprotagonista della commedia inglese St. Trinian’s con Rupert Everett e Colin Firth, e del thriller The Mist, diretto da Frank Darabont.
Jones ha inolre interpretato il film di Peter Greenaway Nightwatching; il film di Michael Apted sulla vita dell’abolizionista William Wilberforce, Amazing Grace; e il film tratto dal libro di W. Somerset Maugham “The Painted Veil” (Il velo dipinto) con Edward Norton e Naomi Watts.
Figlio dell’attore Freddie Jones, Toby ha vinto nel 2001 il Laurence Olivier Award come Migliore Attore Non Protagonista per la commedia teatrale The Play What I Wrote, diretto da Kenneth Branagh. Ha regolarmente calcato le scene inglesi: la sua produzione più recente è Measure for Measure, nella West End.
Dopo l’esordio al cinema con il film del 1992 interpretato da Tilda Swinton, e adattato dal romanzo di Virginia Woolf, Jones ha continuato a dividersi fra cinema e teatri negli ultimi 15 anni. Altri suoi film comprendono Ladies in Lavender con Judi Dench e Maggie Smith; il film del 2004 nominato all’Oscar® Finding Neverland (Neverland – un sogno per la vita); ha doppiato il personaggio di Dobby in Harry Potter and the Chamber of Secrets (Harry Potter e la camera dei segreti); The Messenger: The Story of Joan of Arc (Giovanna d’Arco) di Luc Besson; la commedia romantica Ever After (Cinderella, la leggenda di un amore); e la versione cinematografica di Les Misérables, diretta da Bille August.
Jones è inoltre apparso spesso nella televisione inglese; nel 2005 ha interpretato il ruolo di Robert Cecil, il primo Conte di Salisbury, nella produzione HBO/Channel 4 di Elizabeth I.
Di recente Jones ha accordato la sua partecipazione in altri due film: Creation di Jon Amiel, basato sulla biografia di Darwin scritta dal pronipote Randal Keynes; e il film di Steven Spielberg Tintin, basato sul fumetto dell’artista belga Hergé.