È stato nominato all'Oscar per il suo lavoro nel film di Ang Lee Brokeback Mountain (I segreti di Brokeback Mountain). Ha ritrovato Lee on Lust, Caution (Lussuria - seduzione e tradimento), che gli ha meritato un Golden Osella Award come Migliore Fotografia al Festival di Venezia e una nomination all' Independent Spirit Award. Di recente ha lavorato con Pedro Almodóvar in Los Abrazos Rotos (Gli abbracci spezzati), con Penélope Cruz.
Prieto ha ricevuto una nomination al BAFTA Award per il suo lavoro nel film plurinominato all'Oscar di Alejandro González Iñárritu Babel. In precedenza ha lavorato con Iñárritu in 21 Grams (21 grammi) e Amores Perros.
Altri credits di Prieto comprendono Alexander di Oliver Stone, 25th Hour (La 25° ora) di Spike Lee, 8 Mile di Curtis Hanson, Frida di Julie Taymor e due documentari su Fidel Castro, dal titolo Comandante e "Looking for Fidel", una puntata di America Undercover diretta da Stone. Ha inoltre diretto la puntata intitolata "Persona Non Grata" di America Undercover, incentrata sul conflitto israelo-palestinese.
Nato a Città del Messico, Prieto ha iniziato la sua carriera cinematografica nel 1988 girando cortometraggi e pubblicità, passando ai film a soggetto nel 1991.