La sua carriera ha inizio a metà degli anni Sessanta con la conduzione di "Settevoci", programma fortunato che sarà replicato per quattro anni. Dalla metà degli anni Settanta il «fenomeno Baudo» esplode dirompente facendo del presentatore siciliano l'autentico mattatore della prima Rete televisiva: da "Canzonissima" ai primi programmi legati alla lotteria Italia, da "Domenica in" a "Fantastico" (quando non tutti e due insieme), da "Serata d'onore" al Festival di Sanremo, il Pippo nazionale sembra non lasciar spazio a nessun altro. Anche per Retequattro è uno dei pionieri: vi conduce il quiz "Un milione al secondo". Poi l'improvvisa (ma non imprevista) rottura con la Rai e lo sfortunato passaggio di Baudo nella scuderia di Berlusconi che non produce però i frutti sperati da entrambi. Nel frattempo ha sposato la cantante lirica Katia Ricciarelli, si è dato alla regia di alcune opere ed è nominato direttore del Teatro Stabile di Catania. In tutti questi anni frequenta anche il modo del cinema, soprattutto quello della commedia musicale, lavorando con Dino Risi (Operazione San Gennaro), Renzo Arbore (F.F.S.S.Cioè...che mi hai portato a fare sopra Posilllipo se non mi vuoi più bene?) e Sergio Corbucci (Sono un fenomeno paranormale). Il rientro nei ranghi Rai all'inizio degli anni Novanta comporta qualche anno di purgatorio (una trasmissione sondaggio su Raitre e un talk-show su Raiuno) prima del definitivo ritorno ai vecchi fasti nazionalpopolari. Nel 1996, dopo una contestata conduzione del Festival di Sanremo, ha annunciato le dimissioni dalla RAI, poco dopo ritirate. Dopo un passaggio a Mediaset per realizzare un programma sulla storia della musica italiana, "La canzone del secolo", ritorna definitivamente a casa RAI. Nel 1999 ha condotto la trasmissione "Nel cuore del padre", dedicata al cantante Al Bano e poi ha preso in mano la conduzione di "Giorno dopo giorno", un programma in cui si raccontava la storia del secolo attraverso la voce di ospiti illustri in studio. Del suo derivato "Novecento" ha poi condotto quattro edizioni tra il 2000 e il 2010. Nel 2001 progetta e realizza un omaggio a Padre Pio, "Una voce per Padre Pio", mentre nel 2002 conduce ancora una volta il Festival di Sanremo e si fa affiancare da Paola Barale in Speciale Numero Uno. L'estate del 2004 lo vede protagonista di due vicende molto dolorose: dopo diciotto anni di matrimonio si separa dalla moglie Katia Ricciarelli, tra ripicche e litigi esposti agli occhi dei media. E, a causa di grave incomprensioni con Flavio Cattaneo, direttore generale della RAI, arriva il licenziamento inaspettato del conduttore. Ma tra il 2005 e il 2010 ritorna alla grande su Raiuno con "Domenica in", storico programma che non conduceva dal 1992 e che tornerà ancora a presentare nella stagione 2016-2017. Con la conduzione del Festival di Sanremo del 2008 si aggiudica il primato di 13 partecipazioni, superando il rivale televisivo Mike Bongiorno.