Fowler ha esordito come animatore per il cortometraggio del 2003 Rockfish e nel film del 2009 di Spike JonzeNel paese delle creature selvagge. Ha lavorato anche come attore solo una volta in Una mamma per amica. Nel 2004 ha scritto, diretto, sceneggiato e animato Gopher Broke. Per quest'opera è stato nominato al premio Oscar al miglior cortometraggio animato.
Il suo esordio nel lungometraggio è avvenuto con Sonic - Il film, un film basato sull'omonimo franchise di videogiochi. Nel 2022 torna a dirigere il secondo capitolo Sonic 2.
Fowler ha esordito come animatore per il cortometraggio del 2003 Rockfish e nel film del 2009 di 