Ha ricevuto grandi consensi come drammaturgo off-Broadway (grazie a lavori come Danny and the Deep Blue Sea, Italian American Reconciliatione Four Dogs and a Bone) e ha vinto l'Oscar come sceneggiatore per Stregata dalla luna(Moonstruck), con Cher, Nicolas Cage e Olympia Dukakis. Nel 2004, la sua opera teatrale Il dubbio(Doubt) ha ricevuto grandi consensi off-Broadway al Manhattan Theater Club ed è diventato il suo primo lavoro a passare a Broadway. Così, ha vinto tutti i maggiori premi dell'anno, tra cui il New York Drama Critics Circle Award, il Lucille Lortel Award, l'Outer Critics Circle Award, il Drama League Award, il Drama Desk, il Tony e il Pulitzer. Dopo una fortunatissima carriera, il primo lavoro di Shanley per Broadway ha affrontato una tournée nazionale e ha generato produzioni in tutti gli Stati Uniti e nel mondo.
Shanley è nato e cresciuto nel quartiere di Parkchester nel Bronx, dove è ambientato Il dubbio. Ha studiato alle scuole parrocchiali degli Irish Christian Brothers e delle Sorelle di Carità, per poi passare un periodo nei Marine prima di frequentare e laurearsi alla New York University.
Nella sua lunga lista di lavori per il teatro, molti dei quali diretti personalmente, figurano Defiance, Savage in Limbo, The dreamer examines his pillow, Beggars in the House of Plenty, Where's My Money?, Italian American Reconciliatione Dirty Story. Quest'ultimo è stato presentato quasi in contemporanea con Il dubbioe ha ottenuto una candidatura ai Drama Desk.
Shanley ha visto produrre quattro sue sceneggiature originali: Dentro la grande mela(Five Corners), Stregata dalla luna(che ha vinto l'Oscar e il Writers Guild Award), Un detective... particolare(The January Man) e Joe contro il vulcano(Joe Versus the Volcano), da lui anche diretto. Dentro la grande melasi è aggiudicato il premio speciale della giuria per la sceneggiatura al Festival di Barcellona.