È nato nella terra di nessuno che di volta in volta è stata considerate tedesca, poi polacca e infine russa. Nella Germania dell’Est, è diventato un nuotatore olimpionico e ha vinto numerose medaglie, poi ha deciso di dedicarsi alla recitazione. A 20 anni, ha percorso a piedi l’Ungheria, la Jugoslavia, l’Austria e infine è arrivato a Berlino Ovest, dove ha ottenuto l’asilo politico e iniziato una nuova vita. Dopo tre anni in cui ha svolto i lavori più strani, è stato ammesso allo Schillertheater, l’equivalente tedesco della Royal Shakespeare Company inglese.
In 1991, ha sordito nel cinema con Der Mitwisser, che gli ha fatto vincere il prestigioso Max-Ophuls Prize come miglior esordiente. Ma è stata l’apparizione nell’epico Stalingrado, che lo ha fatto conoscere a livello internazionale. Poi ha interpretato La regina Margot, Marciando nel buio, La sindrome di Stendahl di Dario Argento, Il Mistero del principe Valiant, ma il pubblico americano si è accorto di lui con U-571 diretto da Jonathan Mostow. Poi ha interpretato Blade 2, di Guillermo De Toro, Il Pianista.di Roman Polanski, King Kong di Peter Jackson, Next di Lee Tamahori, Wanted – Scegli il tuo destino con Angelina Jolie, Hellboy 2: The Golden Army e The Young Victoria con Emily Blunt.
Thomas ha interpretato il papa Giovanni Paolo II nel telefilm “Non abbiate paura – La vita di Giovanni Paolo II”.