Will e Sue co-dirigono il Glee ma i ferri corti stanno per essere usati. Anche se fingono, dinanzi al preside, un'unità di intenti si trovano su fronti opposti. Nel momento in cui Sue scopre che gli studenti appartenenti alle minoranze etniche si sentono un po' discriminati da Will, elabora una strategia destinata a distruggere il gruppo. Per la preparazione alle provinciali propone di dividere il gruppo in due parti e, selezionando per prima, sceglie proprio gli allievi che dovrebbero sentirsi più emarginati.
Intanto Will accompagna Quinn e Finn a un'ecografia dove apprendono che la ragazza attende una femmina. Terri invece non mostra alcun segno di voler coinvolgere il marito nella sua gravidanza e allora Will la informa che alla prossima ecografia anche lui sarà presente.
Jacob Ben Israel, il sessuomane della scuola, chiede a Rachel un paio delle sue mutandine per tacere sul suo blog della gravidanza di Quinn. Rachel accetta, ovviamente pensando a Finn. Intanto Sue punta anche musicalmente sul gruppo che si è scelta facendo cantare loro “Hate on Me”. Dinanzi all'ammissione da parte di Sue del suo desiderio di vedere Will licenziato, il professore di spagnolo nega le sufficienze alle cheerleaders in modo da impedire loro di partecipare agli allenamenti. Le occasioni di discussione tra Finn e Quinn non mancano e la tensione aumenta quando Will assegna i ruoli di solisti per la canzone “No Air” proprio a Rachel e Finn. Nel momento in cui anche Puck a Brittany lasciano il suo gruppo Will cerca una trattativa con Sue che però fallisce. Intanto Terri, aiutata dalla sorella Kendra, ricatta il medico che dovrà fare l'ecografia. Così Will verrà informato dell'attesa di una bambina (che si spera di ottenere da Quinn). Rachel invita Quinn a cercare di comprendere chi siano i suoi veri amici ma quando Sue interrompe una prova del gruppo di Will per comunicare che abbandona la co-direzione le cose precipitano. Perché la professoressa comunica di aver saputo (da Jacob ricattato) che Quinn è incinta ed essendo profondamente delusa per non aver avuto l'informazione dall'allieva ha deciso di pubblicare la notizia su un blog molto letto. Il gruppo, finalmente riunito, canta “Keep Holding On” per solidarietà con Quinn.