Due anni dopo gli eventi narrati in Galaxy Express 999 - The Movie, l'impero delle macchine stringe in una morsa ancora più forte la Galassia. Alcuni dicono che Maetel stia per diventare la nuova regina Promethium, la sovrana dell'impero meccanico. Tetsuro Hoshino, che combatte per la libertà, riceve un messaggio di Maetel, che lo invita a salire di nuovo sul treno spaziale Galaxy Express 999. Dopo uno scontro a fuoco, Tetsuro raggiunge la stazione e lascia la Terra.
