Freddy Rodriguez è nato il 17 gennaio del 1975 a Chicago da genitori portoricani. Ha frequentato e si è diplomato presso la Lincoln Park High School. La sua carriera è iniziata proprio negli anni delle superiori: interpretò diverse commedie che furono portate in scena nei primi anni Novanta tra cui The Crucible, Twelve Angry Men e To Kill a Mockingbird. Proprio durante gli anni di High School conobbe Elsie che poco tempo dopo sarebbe diventata sua moglie. I due avranno due figli, Giancarlo ed Elijah.
Sul grande schermo Freddy fa il suo esordio nel 1994 a soli diciannove anni in The Fence nella parte del giovane Terry Griff. L'anno successivo viene scelto da Alfonso Arau per Il profumo del mosto selvatico: Freddy interpreta la parte del figlio di Anthony Quinn, Pedro Argon Jr.. Sempre nel 1995 fa parte del cast di Dollari sporchi per la regia di Albert e Allen Hughes, pellicola in cui recita al fianco di Larenz Tate e Chris Tucker: nella parte di Jose, Rodriguez riesce a farsi notare in un film crudo che oscilla fra il Bronx e il Vietnam. Nel 1998 conquista una parte nella commedia di Harry Elfont e Deborah Kaplan Giovani, pazzi e svitati, storia di un party impazzito e goliardico con cui si celebra la fine della scuola. L'anno successivo ottiene un piccolissimo ruolo in Payback - La rivincita di Porter, noir interpretato da Mel Gibson. Eppure, nonostante i molti ruoli interpretati al cinema, Rodriguez otterrà la fama grazie alla televisione divenendo uno dei volti più conosciuti in tutti gli Stati Uniti.
Nel 1999 interpreta la parte di Albert in tre episodi di Party of five e il successo che riscuote lo conduce alla serie che gli darà la celebrità: Six Feet Under, una serie ideata da Alan Ball e prodotta dalla HBO che ha come base le vicende di una famiglia di Los Angeles, i Fisher, che lavora nelle pompe funebri. Freddy Rodriguez è Federico Diaz, il giovane, gentile e sensibile imbalsamatore presso la ditta della famiglia Fisher. Il vero figlio di Rodriguez, Giancarlo Rodriguez, interpreta la parte del figlio di Diaz. La serie fu trasmessa per cinque stagioni fino al 2005 e riscosse un sensazionale successo non solo negli Stati Uniti ma anche in Europa (soprattutto in Gran Bretagna) e si aggiudicò diversi Emmy Award. Tra il 2003 e il 2004 Freddy Rodriguez comparirà anche in tre episodi di Scrubs, serie ospedaliera che fa la parodia di E.R. - Medici in prima linea, nella parte di Mark Espinosa, fratello di Carla. La cosa buffa è che Freddy reciterà anche in un episodio di ER nella parte del celebre comico Bill Hicks sul letto di morte.
Dal 2005 la sua carriera cinematografica riprende e viaggia a vele spiegate: proprio nel 2005 interpreta uno dei due protagonisti, Mike Alonzo, insieme a Christian Bale, di Harsh Times - I giorni dell'odio, dramma di un veterano di ritorno dalla Guerra del Golfo, del suo legame con un amico di Los Angeles e della violenza che scaturisce dal loro rapporto. Il film uscirà nelle sale due anni dopo e per Rodriguez diverrà il vero biglietto da visita che testimonierà il suo successo come attore. Nel 2006 viene scelto da Wolfgang Petersen per la parte di Valentin in Poseidon, remake del classico del 1972 L'avventura del Poseidon, storia di un'onda anomala che capovolge una lussuosa nave da crociera in cui i sopravvissuti si uniscono per cercare di salvarsi. Il film è teso nella prima parte e meno efficace e spettacolare nella seconda e non riscosse il successo sperato. Sempre nel 2006 M. Night Shyamalan lo dirige in Lady in the water, curiosa opera metalinguistica che ruota intorno a Cleveland Heep, tranquillo e modesto custode di un complesso residenziale. Una sera, insospettito da strani rumori provenienti dalla piscina, Cleveland scopre una misteriosa creatura: si tratta della ninfa Story, un personaggio delle favole che sta cercando di rientrare nel suo mondo. Il custode, con l'aiuto degli inquilini, tenterà in ogni modo di proteggere la creatura minacciata da strani esseri che le impediscono di tornare a casa. Una pellicola talmente bizzarra quanto coraggiosa, unanimemente apprezzata dalla critica e che per Rodriguez rappresenta una delle vette della sua ancor giovane carriera di attore.
Sempre nel 2006 entra a far parte del cast di Bobby, pellicola ambientata il 6 giugno 1968 nell'Ambassador Hotel quando il Senatore Robert F. Kennedy venne assassinato. Un film discusso in cui Freddy, nella parte di Jose, si trova a condividere il set con attori del calibro di Elijah Wood, Helen Hunt, Demi Moore, William H. Macy, Sharon Stone e Anthony Hopkins. Nel 2007 ha interpretato la parte di El Wray in Planet Terror, la parte del film Grindhouse diretta da Robert Rodriguez (l'altra, Death Proof, è diretta da Tarantino), storia dello sceriffo di una cittadina di provincia che si trova a fronteggiare una serie di criminali malati e assassini.
