Laureato in Agricoltura e Scienze forestali all'Università di Shinshu, Goro Miyazaki si è occupato della progettazione di giardini e di sedi di istituzioni pubbliche prima di approdare al cinema seguendo le orme paterne.
Convinto poi dal produttore Toshio Suzuki prima a lavorare al Ghibli Museum e poi per lo Studio Ghibli, firma nel 2006 I racconti di Terramare, tratto dal Ciclo di Earthsea della scrittrice americana Ursula Le Guin. Inizialmente Suzuki aveva assegnato al giovane Miyazaki la stesura degli storyboard, e solo successivamente la regia, nonostante il padre Hayao non lo ritenesse ancora pronto per dirigere un film.
Il film, che ha ottenuto l'approvazione paterna, è stato presentato fuori concorso alla 63esima edizione della Mostra del Cinema di Venezia (2006), un anno dopo dall'assegnazione al padre del Leone d'Oro alla carriera.
Cinque anni dopo Goro ha firmato un altro film d'animazione dal titolo La collina dei papaveri.