È nato a Salford e ha studiato presso la Central School of Speech and Drama. Il suo lavoro cinematografico comprende il ruolo di Major Henry West in 28 Days Later (28 giorni dopo) di Danny Boyle, il ruolo protagonista di Jude di Michael Winterbottom e Shallow Grave (Piccoli omicidi fra amici) di Boyle, con Ewan McGregor. Altre sue performance degne di nota comprendono 24 Hour Party People di Winterbottom, Gone in 60 Seconds (Fuori in 60 secondi) al fianco di Nicolas Cage; Elizabeth di Shekar Kapur, con Cate Blanchett; eXistenZ di David Cronenberg, con Jude Law; Let Him Have It di Peter Medak e il ruolo di Dr. Jekyll in New Orleans, Mon Amour.
Lavori imminenti di Eccleston comprendono Amelia di Mira Nair, con Hilary Swank e Richard Gere per la Fox Searchlight.
Sul palco Eccleston è apparso in: Hamlet ed Electricity al West Yorkshire Playhouse, Miss Julie all’Haymarket Theatre West End, Bent e Abingdon Square al Royal National Theatre, A Streetcar Named Desire al Bristol Old Vic e Waiting at the Water’s Edge al Bush Theatre.
In televisione di recente ha interpretato Claude nella serie della NBC Heroes nonché Dr. Who sulla BBC. E’ stato nominato al BAFTA come Migliore Attore e ha vinto il BPG Award per le sue performance in Second Coming (ITV) e Our Friends in the North (BBC). E’ stato nominato come Migliore Attore all’RTS per Hearts and Minds (BBC) e ha vinto il premio per Flesh and Blood. Tra i suoi lavori televisivi ricordiamo: Cracker, Hillsborough, Sunday e Othello.