Ha iniziato la sua carriera cinematografica nel 1996 come direttore dello sviluppo per Scott Rudin. Ha poi lasciato il lavoro per dedicarsi alla scrittura e ha pubblicato il libro politicoumoristico Chelsea Clinton's Freshman Notebook nel 1997 per la Hyperion. In seguito, ha concentrato la sua abilità narrativa sui libri per bambini. Il libro illustrato The Day My Runny Nose Ran Away, pubblicato dalla Dutton nel 2003, è stato seguito nel 2008 dal libro per ragazzi The Facttracker, edito da HarperCollins .
La carriera televisiva e cinematografica di Eaton è iniziata sulle reti SciFi Channel e Showtime. Nel 2003 è stato chiamato a sviluppare la trama per la versione cinematografica animata di Imaginary Friends per i Blue Sky Studios e la Twentieth Century Fox Animation e, nel 2004, gli è stata commissionata la sceneggiatura di un film d'animazione basato sul suo soggetto originale Spartacus Lobster. Nel 2006, poco prima della nascita del suo primogenito, è stato coinvolto nello sviluppo della trama de L'era glaciale 3 - L'alba dei dinosauri .
Eaton ha venduto la sceneggiatura del film liveaction The Snitts, scritta insieme al socio Ian Lendler, a Cartoon Network nel 2006. Eaton e Lendler sono al momento impegnati nell'adattamento del romanzo The Facttracker per un film liveaction per la MGM, con la 21 Laps Entertainment (Una notte al museo [Night at the Museum]) che curerà la produzione e David Silverman (I Simpson - Il film [The Simpsons Movie]) alla regia .
