La serie è divisa in due archi: il primo è composto da filler, episodi inventati per la serie animata mentre il secondo si basa sull'arco della Luna Nera.
Nella prima parte Usagi e compagnia recuperano le memorie della prima stagione. I loro nemici sono una coppia di alieni, Ail e Ann, che cercano l'energia umana per ridare vita ad un albero. Mamoru non ha ancora ri-acquistato i suoi ricordi e appare con le vesti di Cavaliere della Luna anziché nei panni di Tuxedo Kamen.
Nel secondo arco viene introdotta Chibi-usa, una piccola bambina che proviene dal futuro in cerca del Cristallo d'argento. I nuovi nemici sono il clan della Luna Nera che comprendono le sorelle Ayakashi (Chermesite, Berchierite, Kalaverite e Pezzite ), Ruben, Zaffiro, Esmeralda, il Principe Diamond e il Saggio. Anche loro sono alla ricerca del Cristallo per poter impadronirsi del futuro.
