Ammettiamolo senza quegli orribili occhiali e quei capelli ricci, nel suo aspetto normale, Jon Heder è un attore americano con un forte sex appeal, in grado di provocare un brivido lungo la schiena con il solo "hi". La somiglianza con il cantante di ballate James Blunt, a tal proposito, è quasi impressionante! Ma il bello di Heder... pardon, il brutto, sta nel fatto che, nonostante il suo palese fascino, Heder per sfondare ha preferito mascherarsi e trasformarsi in un nerd della provincia statunitense che in molti hanno faticato a riconoscere: Napoleon Dynamite. Volto immobilizzato in una smorfia fastidiosa, capelli dannatamente arricciati, occhialoni a goccia e jeans quasi ascellari lo hanno reso così celebre da avergli affidato un posto di rilievo nell'attuale commedia americana, accanto ad attori come Ben Stiller, Will Ferrell e Amy Poehler.
Figlio di un medico che praticava nel West Salem, Jon Heder cresce con suo fratello gemello Daniel, il suo primo vero amico. Dopo aver frequentato la South Salem High School dell'Oregon e la Brigham Young University (dove incontrerà Kirsten, la donna che poi, nel 2002, sposerà e dalla quale avrà una figlia Evan Jane Heder), parte per due anni in Giappone per una missione religiosa mormona. A testimonianza di questo Heder parla un perfetto giapponese.
Tornato in America, appassionato di recitazione, decide di tentare la strada del cinema, apparendo per la prima volta sul grande schermo in Funky Town di Matthew Janzen, accanto a suo fratello gemello. Ma il vero successo, per questo attore dai capelli ricci sarà la commedia Napoleon Dynamite (2004) di Jared Hess, con Tina Majorino. La parte di un teenager sfigato, il classico nerd deriso da tutti quanti che vive in una famiglia decisamente sopra le righe, gli sta a pennello. La pellicola, prodotta da Mtv diventa un cult negli Stati Uniti (meno in Italia, dove invece passa quasi inosservata) e Jon Heder diventa un personaggio di punta della nuova generazione di attori della seconda metà del Duemila.
L'anno successivo, nel film d'amore-spettrale Se solo fosse vero (2005), poi si ributta nelle commedie demenziali con School for Scoundrels (2006) e Blades of Glory (2007) nel ruolo di un pattinatore biondo platino, prestandosi anche come doppiatore del pollo Joe in Surf's Up - I re delle onde (2007).