Durante l'inizio del 21° secolo un meteorite è caduto in Antartide. Dopo che gli scienziati sono andati a studiare l'incidente è seguita una gigantesca esplosione, classificata come 'Secondo Impatto'. Shinji Ikari è un ragazzo di quattordici anni anni che è venuto a Toyko3, una città che serve anche come una fortezza, per incontrarsi con il padre che lo ha lasciato molti anni fa. Al momento del suo arrivo la città si trova ad essere sotto l'assedio di creature mostruose chiamate 'Angeli'. In qualche modo, Shinji si trova nell'unità Evangelion 01, e riesce a sincronizzarsi con il robot gigante. A Shinji viene detto di diventare il suo pilota permanente, ed è gettato in combattimento come ultima difesa della città per la lotta contro gli angeli. Tuttavia, mentre Shinji combatte, comincia a capire la verità dietro gli Angeli, il secondo impatto, la lotta dell'uomo contro Dio e ciò di cui bisogna veramente aver paura.
