Jake Mahaffy ha studiato Belle Arti e Filmmaking presso la Rhode Island School of Design, la School of the Art Institute of Chicago e regia presso il Russian State Institute of Cinematography a Mosca.
I suoi film low-budget e autoprodotti sono stati proiettati nei festival cinematografici di tutto il mondo, tra cui il Sundance Film Festival, Il Rotterdam Film Festival e la Mostra del Cinema di Venezia (Premio Orizzonti per il miglior film nel 2015, per il film Free in Deed). Professore associato di Cinema e Arte negli Stati Uniti, coordina anche il programma di Screen Production presso l'Università di Auckland.