Una commozione cerebrale frantumò il suo sogno nel calcio e lo spinse a reinventarsi nel mondo dello spettacolo, dove contribuì a definire una generazione nei panni del personaggio titolare di Dawson's Creek.

Origini
Nato in una famiglia benestante di lontane origini olandesi, James David Van Der Beek è il primo dei tre figli di Melinda Weber, insegnante di danza e ginnastica ed ex ballerina di Broadway, e di James William Van Der Beek, dirigente di una compagnia di telefonia mobile. Suo padre, un giocatore di baseball professionista, aveva militato nei Los Angeles Dodgers. Il suo cognome in olandese significa "dal torrente".

Carriera teatrale
Iniziò a calcare le scene a soli tredici anni, nel ciuffo a banana di Danny Zuko in una produzione locale di Grease. Poco dopo interpretò Reuben nello spettacolo scolastico Joseph and the Amazing Technicolor Dreamcoat, confermando una passione ormai evidente. A 15 anni convinse la madre ad accompagnarlo a New York per cercare un agente e tentare la strada della recitazione professionale. Il debutto arrivò, off-Broadway, appena un anno più tardi in Finding the Sun di Edward Albee. La sua interpretazione di Fergus fu accolta con recensioni positive. Inoltre, già nel 1986 aveva lavorato al doppiaggio di Laputa - Castello nel cielo, dando la voce al protagonista maschile Pazu. Si iscrisse alla Cheshire Academy, dove continuò a recitare in numerose produzioni scolastiche. Successivamente entrò alla Drew University di Madison, nel New Jersey, ottenendo una borsa di studio che gli consentì di conciliare gli studi con i frequenti spostamenti verso i set. Durante il periodo universitario fece parte anche di un gruppo a cappella maschile. In quegli anni si esibì inoltre al Vineyard Theatre di Manhattan nella pièce My Marriage to Ernest Borgnine di Nicky Silver. Tuttavia, lasciò l'università quando iniziarono le riprese di Dawson's Creek. Nel 2003 tornò sui palcoscenici off-Broadway con la commedia Rain Dance, a conferma di un legame mai interrotto con il teatro.

Il successo mainstream
Nel 1995 debutta al cinema nei panni di un bullo nel film Angus, ma è qualche anno più tardi che arriva la svolta destinata a cambiargli la vita. Con la camicia a quadri e l'aria da eroe romantico, diventa il volto di Dawson's Creek, teen drama simbolo della fine degli anni '90. Il creatore Kevin Williamson modellò il personaggio del giovane aspirante regista sulle proprie esperienze adolescenziali, e Van Der Beek saprà dargli un'intensità che conquistò il pubblico di tutto il mondo. La serie, trasmessa per sei stagioni su The WB, trasformò Dawson Leery in un'icona pop. Memorabile e virale negli anni successivi, la sua scena in lacrime dopo la rottura con la brunetta Joey: un momento di pura vulnerabilità che si è trasformato in uno dei meme più longevi della cultura televisiva. Nel 1999 ha recitato nella dramedy sportiva Varsity Blues, che ha conquistato il primo posto al botteghino statunitense per due settimane consecutive, valendogli un MTV Movie Award. In quel periodo è stato inoltre inserito dalla rivista People nella lista dei "50 Most Beautiful People in the World.

Oltre Capeside
Nel 2007 ha preso parte a un episodio in due parti di Criminal Minds, nei panni del serial killer Tobias Hankel, che rapisce e droga Spencer Reid. L'anno successivo è apparso in How I Met Your Mother nel ruolo di Simon Tremblay, uno degli ex fidanzati di Robin Scherbatsky. Sempre nel 2008 ha ottenuto un ruolo ricorrente in One Tree Hill, dove ha interpretato un regista costruito come controparte satirica di Dawson Leery. Nel 2011 è entrato nel cast principale della sitcom Non fidarti della str*** dell'interno 23, accanto a Krysten Ritter, come versione romanzata di sé stesso. Nel 2014 è regular di CSI: Cyber nei panni dell'agente dell'FBI Elijah Mundo. In seguito, è apparso anche nella prima stagione di Pose, nel ruolo di Matt Bromley.

Vita privata e scomparsa
Nel 2010 ha sposato in seconde nozze Kimberly Brook, consulente aziendale, con la quale ha avuto sei figli: Olivia, Annabel, Emilia, Gwendolyn, Joshua e Jeremiah. Nel 2023 gli è stato diagnosticato un cancro del colon- retto, una malattia di cui ha parlato pubblicamente nel 2024. È scomparso all'età di 48 anni dopo una lunga battaglia contro il tumore. Nel 2026 apparirà postumo nella serie televisiva Elle, prequel di La rivincita delle bionde.